Description: Das Projekt "Teilprojekt B: Entwicklung von Retrotransposon-basierten molekularen Werkzeugen für die Züchtung, Sortenidentifizierung und Genbankerhaltung von Kartoffeln - Retrokartoffel" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Technische Universität Dresden, Bereich Mathematik und Naturwissenschaften, Institut für Botanik, Lehrstuhl Zell- und Molekularbiologie der Pflanzen durchgeführt. Das Ziel des Projekts ist die Entwicklung von molekularen Verfahren der Genomanalyse für den Einsatz in der mittelständigen Pflanzenzüchtung und in Genbanksammlungen am Beispiel der Kartoffel. Das Vorhabens umfasst die Entwicklung, Testung und Auswahl von molekularen Markern, die in der anwendungsbezogenen Genomdiagnostik in der Sortenzüchtung, für die Sortenidentifizierung sowie für die Evaluierung der Biodiversität von genetischen Ressourcen eingesetzt werden sollen. Die zu entwickelnden molekularen Marker basieren auf SINEs (Short Interspersed Nuclear Elements), die eine hochamplifizierte Sequenzklasse pflanzlicher Genome darstellen. Dazu werden an der TU Dresden durch den Einsatz von molekularen Methoden SINEs aus dem Kartoffelgenom identifiziert. Die experimentelle Strategie für die Identifizierung von SINEs beinhaltet auch die Analyse von in öffentlichen Datenbanken verfügbaren DNA-Sequenzen der Kartoffel mit bioinformatorischen Ansätzen; die dafür notwendige Software soll entwickelt werden. An die Identifizierung und Klonierung von Kartoffel-SINEs schließt sich eine eingehende molekulare Charakterisierung (Sequenz, Divergenz, Subfamilienstruktur) sowie die physikalische Kartierung durch hochauflösende, multi-colour Fluoreszenz-in situ-Hybridisierung (FISH) an. Durch FISH werden abundante SINE-Familien ausgewählt, die in der Kartoffel eine genomweite Verbreitung haben. Es sollen mindestens sieben bis neun verschiedene SINE-Familien identifiziert werden, die sich für die Ableitung spezifischer Primer eignen. Diese Primer werden dann für die PCR-basierte Erzeugung robuster molekularer Marker genutzt, indem DNA-Sequenzen zwischen SINE-Kopien amplifiziert und durch Gelektrophorese separiert werden. Charakteristische Amplikons können weiterführend in sortenspezifische Marker umgewandelt werden und lassen sich direkt für die Sortenidentifizierung oder Evaluierung von Sammlungsmustern einsetzen.
SupportProgram
Origin: /Bund/UBA/UFORDAT
Tags: Dresden ? Fluoreszenz ? Kartoffel ? Pflanzenerbgut ? Fisch ? Genom ? Genbibliothek ? Kartierung ? Tracer ? Genetische Ressourcen ? Molekularbiologie ? Gentechnik ? Pflanzenart ? Software ? Bewertung ? Biotest ? Elektrophorese ? Pflanzenzüchtung ? DNA-Analyse ? Züchtung ? in situ ? Datenbank ? Hybridisierung ? Biodiversität ? DNA-Amplifikation ? Retrokartoffel ? Sequenzierung ? Short Interspersed Nuclear Elements (SINEs) ? Transposon ? Eignungsprüfung ? Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung ? Auslese ? Genlokalisation ? Genomanalyse ? Klonierung [DNA] ? Markergen ? PCR-Technik ?
Region: Sachsen
Bounding boxes: 10.40664° .. 10.40664° x 49.29433° .. 49.29433°
License: cc-by-nc-nd/4.0
Language: Deutsch
Time ranges: 2009-02-01 - 2012-03-31
Webseite zum Förderprojekt
https://www.tib.eu/de/filter?repno=0315425B (Webseite)Accessed 1 times.