Description: Die genetische Heterogenität von Cherry leaf roll virus (CLRV) Isolaten wird grundsätzlich, jedoch nicht ausschließlich, durch die Wirtspflanzenart bestimmt. Zum Beispiel deutet die unterschiedliche phylogenetische Gruppierung eines Himbeer-Isolats nach Analyse verschiedener Genombereiche auf genetische Rekombinationen zwischen CLRV-Isolaten hin, die möglicherweise eine erhöhte Virulenz von CLRV bedingen. Rekombinationsanalysen sollen Hinweise darauf geben, ob die genetische Organisation des Himbeer-Isolates gegenüber anderen CLRV-Isolaten bzw. die RNA-Population innerhalb dieses Isolates hinsichtlich ihrer Sequenz-Stabilität differiert. Das CLRV besitzt ein bipartites Genom mit zwei 3'polyadenylierten RNAs, deren offene Leserahmen am 5' und 3'Terminus jeweils durch eine nicht-kodierende Region (NCR) begrenzt werden. Die Translation der beiden RNAs erfolgt Cap-unabhängig, die Regulationsmechanismen sind aber bisher nicht bekannt. Vermutlich spielen hierbei die nicht kodierenden Regionen der beiden RNAs eine wichtige Rolle, die daher auf ihre Sekundärstrukturbildung und auf translationsassoziierte Sequenzmotive, wie sie für andere Viren bekannt sind, untersucht werden sollen, um ein CLRV-Translationsmodell zu erstellen.
Types:
SupportProgram
Origins:
/Bund/UBA/UFORDAT
Tags:
Genom
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Nematoden
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Pflanzengenetik
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Pflanzenart
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Wirtspflanze
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Pflanzenvirus
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Phytomedizin
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Pathogenität
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Virus
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DNA-Analyse
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Phylogenese
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Modellierung
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Genetische Vielfalt
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Abdeckung
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Population
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Beere
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Cherry leaf roll virus
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Genomanalyse
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Genrekombination
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Himbeer-Isolat
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RNA
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Sequenzierung
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Translation
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Region:
Berlin
License: cc-by-nc-nd/4.0
Language: Deutsch
Organisations
Time ranges:
2009-03-01 - 2013-05-31
Alternatives
-
Language: Englisch/English
Title: Analysis of the 5' and 3' non-coding regions of Cherry leaf roll virus
Description: Genetic variability of Cherry leaf roll virus (CLRV) isolates depends largely upon original host plants species. However, this is not a strict principle and an exception may be a highly virulent CLRV strain originating from raspberry. Sequence analyses of different genome regions of the raspberry strain indicate towards genetic recombination, which may be responsible for the clustering of the isolate in different phylogenetic groups. This should be investigated by recombination analyses as well as by investigation of sequence variability within the RNA population of the CLRV isolate and comparison of this strain with CLRV isolates from other host plant species. The bipartite CLRV genome consists of short 5' non-coding regions (NCRs) and long polyadenylated 3' NCRs flanking a large open reading frame on each RNA segment. Translation of virus polyproteins is initiated in a cap-independent manner, but regulation of the translation of the CLRV genome is still unknown. Both, the 5' as well as the 3' NCRs are thought to be involved in the process by formation of secondary structures and intramolecular basepairing as described for other nepoviruses. Therefore, the CLRV 5' and 3'NCRs will be screened for putative translation-associated sequence-motifs in order to develop a translation model for this virus species.
https://ufordat.uba.de/UFORDAT/pages/PublicRedirect.aspx?TYP=PR&DSNR=1047127
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