Die Euglenida sind einzellige Flagellaten mit großer Heterogenität. Die Entstehung der phototrohen Euglenida durch eine sekundäre Endocytobiose ist ein beeindruckendes Beispiel für retikulare Evolution. Eine Besonderheit der plastidären Genome von Euglena gracilis und Euglena longa ist der hohe Anteil an Introns der Gruppen II und III. Da Intronerwerb und -verlust seltene evolutionäre Ereignisse sind, eignen sich Intronsequenzen als molekulare Marker, um die Phylogenese zu rekonstruieren. Hier werden Introns von verschiedenen Genen der Plastiden auf ihre Verteilung innerhalb der phototrophen Euglenida untersucht.
Much is known about the breeding history of cereals but the effects of anthropogenic/artificial selection on cereal genomes have rarely been examined. Main emphasis of the proposed project is the identification of genes subject to selection in rye (Secale cereale L.). The effect of selection during rye breeding will be investigated by working on three hypotheses: 1) Increasing crop improvement is correlated with a reduction of nucleotide diversity. 2) The DNA sequence linked to an advantageous allele increases to high frequency and experiences a loss of pre-existing polymorphism (='selective sweep'). 3) Signatures of selective sweeps are observed in the chromosomal region affected by the beneficial mutation. Applying genome capture technology and high-throughput next generation sequencing, more than 500 genes will be sequenced in a collection comprising rye populations that represent the breeding history of rye from founder landraces to elite inbred lines. Sequence analysis encompasses exon-intron assignment, SNP detection, nucleotide diversity analysis, and the determination of linkage disequilibrium patterns within and between genes as well as within and between populations. With this large-scale selection screen we aim to establish a first-generation map of selection for rye. The identified genes provide candidate genes for agronomic important traits and are relevant to association studies.
Hypothese 1: Unterschiedliche Bakterienisolate und Bakterienpopulationen können zu Veränderungen in der Physiologie und der Morphologie und damit in der Funktion des Phytoplanktons führen. Methodischer Ansatz: Rein- und Mischkulturen, Dialyseexperimente, Produktions- und Wachstumsraten, Algenexsudate, Morphologiestudien, 18S rRNA Gensequenz, ITS2. Hypothese 2: Sowohl die Struktur als auch die Funktion von Bakteriengemeinschaften veränderter sich mit der Zusammensetzung, dem physiologischen Zustand und dem Alter des Phytoplanktons. Methodischer Ansatz: Rein- und Mischkulturen, Dialyseexperimente, Produktions- und Wachstumsraten, Algenexsudate, 16S rRNA-Gensequenz, Fingerprint-Techniken, Klonierung. Hypothese 3: Diese Dynamiken in Struktur und Funktion der planktischen Lebensgemeinschaften haben weitreichende Konsequenzen für den aquatischen Nährstoffkreislauf. Methodischer Ansatz: Rein- und Mischkulturen, Nährstoffmangelexperimente, Aggregationsexperimente, Produktions- und Wachstumsraten, Algenexsudate (biochemische Zusammensetzung), Kohlenstoffbilanzen. Hypothese 4: Die Ausprägung von Phaenotypen der Grünalgen in der Grossen Fuchskuhle wird durch die Interaktion mit heterotrophen Bakterien beeinflusst. Methodischer Ansatz: gezielte Isolation der Algen und 'ihrer' Bakterienflora mit Mikrokapillaren, Untersuchung der Algenkulturen unter Zugabe von Medien aus spezifischen Bakterien und Bakteriengemeinschaften, 16/18S rRNA Gensequenz, ITS2, Environmental PCR an Freilandpopulationen, Fingerprint-Techniken, Klonierung.