Bei der Besiedlung des menschlichen Darms interagiert Vibrio cholerae mit einer Vielzahl von kommensalen Mikroorganismen, ihren sekretierten Molekülen und zahlreichen Phagen. In diesem Projekt untersuchen wir das Zusammenspiel von V. cholerae mit mikrobiellen Konkurrenten im Darm und wie Phagen in diesen Prozess eingreifen. Unsere Untersuchungen konzentrieren sich dabei auf Schlüsselmediatoren des kollektiven Verhaltens von V. cholerae und dessen Einfluss auf andere Organismen. Wir erwarten, dass dieses Projekt es uns ermöglicht zu verstehen wie mikrobielle Kommensalen und Phagen das kollektive Verhalten von V. cholerae beeinflussen.
Das mikrobiologische Projekt des SFBs thematisiert die Aktivität und Biogeographie der Mikroorganismen in der Atacama. Primäres Ziel ist die Analyse biogeographischer Muster von Mikroorganismen der Phyllosphäre, Rhizosphäre bzw. Boden ausgesuchter Modelpflanzen. Ein Vergleich der Verbreitung der im SFB untersuchten Organismen mit dem Mikrobiom und dessen Verbreitung soll korrelierte Migrationsprozesse aufzeigen. Darüber hinaus zielen wir auf die Identifikation von Umweltfaktoren, welche die Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaften in diesem extremen Habitat bedingen. Ein zweiter Schwerpunkt liegt in dem Revitalisierungspotential ruhender Mikroorganismen in Wüstenböden in Abhängigkeit von Wasser. Ziel ist es aktive Mikroorganismen zu identifizieren, um die mikrobiell getriebenen biogechemischen Konversionsprozesse zu verstehen, sowie die Bodenoberflächenprozesse, welche die Landschaftsentwicklung in der Wüste beeinflussen.
Nicht-ribosomale Peptide sind wichtige chemische Mediatoren, und ihre hydrolytische Degradierung hat Einfluss auf mikrobielle Gemeinschaften. In diesem Projekt werden wir chemoproteomische Methoden entwickeln und diese anwenden, um die Verbreitung, Aktivität und funktionale Rolle von Lipopeptid-modifizierenden Enzymen aufzuklären. Dies wird es uns ermöglichen, ein umfassendes Verständnis für bakterielle hydrolytische Transformationen zu erlangen, neue bioaktive Verbindungen zu identifizieren und die molekularen Mechanismen mikrobieller Interaktionen aufzudecken.