The order Hepelivirales comprises RNA viruses of four families (Alphatetraviridae, Benyviridae, Hepeviridae, and Matonaviridae). Sequencing of virus genomes from water samples from the Havel River and the Teltow Canal (Teltowkanal) in Berlin, Germany, revealed 25 almost complete and 68 partial genomes of viruses presumably belonging to the order Hepelivirales. Only one of these viruses exhibited a relationship to a known member of this order. The members of one virus clade have a polymerase with a permuted order of the conserved palm subdomain motifs resembling the polymerases of permutotetraviruses and birnaviruses. Overall, our study further demonstrates the diversity of hepeliviruses and indicates the enzootic prevalence of hepeliviruses in unknown hosts. © 2023 Springer Nature Switzerland AG
Das Projekt "Teilprojekt 2" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Bundesamt für Sera und Impfstoffe, Paul-Ehrlich-Institut durchgeführt. Von Hartung und Wendel wurde 1995 ein neuer Pyrogentest auf Basis von humanem Blut vorgeschlagen, der sich die menschliche Fieberreaktion zu Nutze macht. In der ersten Foerderperiode wurde die Methode mit dem Paul-Ehrlich-Institut fuer Biologische Arzneimittel evaluiert und praevalidiert. Parallel zu einer europaeischen Validierung der Methode im Ringversuch, in dem die Transferierbarkeit und Reproduzierbarkeit der Methode getestet wird, sollen hier diese Bestrebungen in zwei Punkten komplementiert werden: a) Fuer biologische Arzneimittel, die derzeit den Kaninchen-Pyrogentest vorsehen, sollen Pruefvorschriften erstellt und validiert werden. b) Die Kryokonservierung des Vollblutes, was eine Standardisierbarkeit und leichte Verfuegbarkeit verspricht und ein Schnelltest auf Basis von Pro-Interleukin-1ss oder sogar seiner mRNA soll erarbeitet werden. Es besteht die berechtigte Hoffnung, dass mit Abschluss der Arbeiten die endgueltige Abloesung des Kaninchen-Pyrogentests im Arzneibuch erfolgen kann.
Das Projekt "Workshop 'Neue Nachweisverfahren fuer Mikroorganismen, Viren und Gene in der Umwelt'" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Fortbildungszentrum Gesundheits- und Umweltschutz Berlin durchgeführt. Eine zweitaegige Fachtagung soll eine Sammlung von Verfahren vorstellen, um Mikroorganismen, Viren und DNS in Umweltproben wie Boden, Wasser und Schlaemmen nachzuweisen. Desweiteren sollen auf der Tagung auch Methoden dargestellt werden, um Gentransfer in-situ nachzuweisen und zu quantifizieren. Die Methoden sollen im hinblick auf Anwenderfreundlichkeit, Sensitivitaet und Kosten diskutiert werden. Weiterer Forschungsbedarf soll aufgedeckt werden.
Das Projekt "ERA Net Plant Genomics - RCA genomics: Internationales Referenz-Zentrum für Genomics und Diagnose von Viren mit kleiner zirkulärer DANN" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Universität Stuttgart, Biologisches Institut, Abteilung für Molekularbiologie und Virologie der Pflanzen durchgeführt. In Zusammenarbeit mit den französischen und spanischen Partnern, sowie der Firma Qiagen wird ein Internationales Referenzzentrum für die Diagnose von pflanzlichen Geminiviren und Nanoviren etabliert, das die genomische DNA dieser Viren weltweit sammelt und charakterisiert. Auf der Basis der Rolling Circle Amplification (RCA) und durch Restriktionsfragment-Längenpolymorphismus (RFLP) sowie direkter Sequenzierung der RCA-Produkte werden die Proben analysiert. Die gesammelten und klassifizierten Proben werden zudem dazu genutzt, eine Chip-Technologie zu entwickeln, die eine Diagnose mit nanostrukturierten Prüfoberflächen erlaubt und damit ihre Geschwindigkeit erheblich verbessert. Um die Funktionelle Genomik der Geminiviren zu erweitern, wird die RCA in Verbindung mit dem Virus-induzierten Silencing (VIGS) genutzt, um Pflanzengene zu identifizieren, die maßgeblich an der Ausbreitung und Abwehr der Viren beteiligt sind. Die Ergebnisse werden der wissenschaftlichen Gemeinschaft sowie den Pflanzenschutzagenturen weltweit zur Verfügung gestellt. Die Firma Qiagen nutzt dieses Wissen, um ein neue Marktsegmente in der Diagnostik zu erschließen.
Das Projekt "Weiterentwicklung adenoviraler Gentransfer Vektoren und sicherheitsrelevante Untersuchungen zur Frage der Integration von Vektor DNA in das Genom von Zellen nach Gentransfer" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Universität Köln, Zentrum für Molekularbiologische Medizin durchgeführt. Virale Vektoren sind potentiell als Vehikel fuer somatischen Gentransfer geeignet. Adenovirus Vektoren werden in Zellen produziert, die einen Teil der Adenovirus DNA integriert haben und bestimmte virale Funktionen komplementieren. Wegen Homologien zwischen Vektor und integrierter Adenovirus DNA kommt es haeufig durch Rekombination zur, fuer klinische Anwendung nicht akzeptablen, Entstehung von Wildtyp Virus. Im ersten Teil dieses Projektes geht es um die Entwicklung von neuen Zellinien, die die Entstehung von Wildtyp Virus ausschliessen und von Vektoren, die ein verbessertes Sicherheitsprofil haben. Im zweiten und dritten Teil gehen wir der Frage nach, ob ein neuer adenoviraler Vektor, der gegenueber bisherigen Vektoren deutliche Vorteile aufweist, durch homologe oder heterologe Rekombination in das Genom von transduzierten Zellen integriert, und wenn ja, mit welcher Haeufigkeit. Die verwendeten experimentellen Systeme sind ein Zellkulturmodell sowie ein Mausmodell zur Identifizierung, Quantifizierung und Charakterisierung von Integrationsereignissen.
Das Projekt "Wirkung hochfrequenter EMF auf biologische Systeme - Phase I: auf biologische Moleküle (Proteine, DNA) bei 37°C - Phase II: auf einfache Organismen (Viren, Bakterien) bei 37°C - Phase III: auf DNA-Protein-Komplexe bei 4°C" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Bergische Universität Gesamthochschule Wuppertal, Fachbereich E, Lehrstuhl für theoretische Elektrotechnik durchgeführt.
Das Projekt "Molekulare Untersuchungen zu den Mechanismen des horizontalen Transfers von Insektentransposons in Baculoviren-Genome" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Julius Kühn-Institut, Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen, Institut für Biologischen Pflanzenschutz durchgeführt. Der natürliche Transfer der Insektentransposons TCp3.2 und TCI4.7 in das Genom des Baculovirus CpGV ist ein einmaliges genetisches Modell für den horizontalen Genfluß zwischen verschiedenen Arten. Im vorliegenden Projekt werden die molekularen und zellulären Mechanismen dieses Transfers untersucht. Im Rahmen einer einjährigen Verlängerung sollen vergleichende Transkriptions- und Expressionsanalysen der Transposasegene von TCp3.2 und TCI4.7 in virusinfizierten und nicht infizierten Insektenlarven bzw. -zellen abgeschlossen werden. Durch diese Untersuchungen soll festgestellt werden, ob die CpGV-Infektion Einfluß auf die Genaktivität von TCp3.2 bzw. TCI4.7 im Insektengenom hat. Da die Ergebnisse aus dem bisherigen Projekt gezeigt haben, daß die transposon-tragenden CpGV-Mutanten einen Selektionsnachteil gegenüber wildtyp-CpGV haben, soll durch eine vergleichende Transkriptionsanalyse der Transposoninsertionsorte der funktionale Einfluß der Transposonintegration af die genetische Integrität von CpGV untersucht werden.
Das Projekt "Promotorspezifitaet von RNA-Polymerasen mit verschiedenen Sigma-Untereinheiten als moeglicher Faktor fuer die Regulation der Expression von pathogenitaetsrelevanten Genen" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Biologische Bundesanstalt für Land- und Forstwirtschaft durchgeführt. Die Krankheitsinduktion durch pflanzenpathogene Mollicutes (Mycoplasmen) ist noch wenig erforscht. Es gibt Anhaltspunkte, dass durch spezifische Sigmafaktoren Gene transkripiert werden, deren Translationsprodukte fuer die Krankheitsentwicklung von Bedeutung sind. Als Modell soll ein kultivierbarer Acholeplasma-aehnlicher Organismus verwendet werden.
Das Projekt "Untersuchungen zur Verwendung extrachromosomal replizierender Kopien der DNA 1 von Cassava latent Virus - Sicherheitsforschung Gentechnologie fuer die Pflanzenforschung" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften, Max-Delbrück-Laboratorium durchgeführt. Ziel des Projektes ist die Analyse der Verwendung frei replizierender Formen der DNA1 des Geminivirus Cassava latent Virus sowie seine Interaktion mit anderen Geminiviren. Im Mittelpunkt der Untersuchung soll die Frage stehen, ob aus den sich nicht systemisch ausbreitenden DNA1-Formen, die keine Symptome auf den transgenen Pflanzen zeigen, durch Wechselwirkung mit zusaetzlicher CLV-spezifischer DNA bzw durch Rekombination oder Cotransfektion mit anderen Geminiviren neue, sich systemisch ausbreitende Virus-Formen entstehen koennen. Im Falle der Wechselwirkung der DNA1-Formen mit einem verwandten Geminivirus, BCTV, soll zudem untersucht werden, ob durch Rekombination beider Genome eine Aenderung des Wirtbereiches und des Uebertragungsvektors moeglich ist.
Das Projekt "Baculoviren-Genomics: Etablierung einer natürlichen Klassifikation mittels molekularer Phylogenie" wird vom Umweltbundesamt gefördert und von Julius Kühn-Institut, Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen, Institut für Biologischen Pflanzenschutz durchgeführt. Baculoviren (Fam. Baculoviridae) sind die größte und ökologisch bedeutendste Gruppe insektenspezifischer DNA-Viren, die ein beträchtliches ökonomisches Potential als Expressionssystem und als hoch selektive Bioinsektizide vorweisen. Trotz ihrer Bedeutung ist nur Bruchteil der über 600 bisher identifizierten Baculoviren-Arten näher charakterisiert. Der derzeitige Stand ihrer Klassifikation ist unzureichend, da für sie kein natürliches taxonomisches System existiert. Die Verwendung des Wirtsinsektes als Kriterium der Art-Einteilung hat bei Baculoviren mit oligo- oder polyspezifischem Wirtsbereich in erheblichem Umfang zu Mehrfachbenennungen einzelner Virusarten geführt.Im vorliegenden Projekt soll durch die Genomsequenzierung des Cryptophlebia leucotreta Granulovirus als Modell für ein torticiden-spezifisches Granulovirus und dem phylogenetischen Vergleich aller bisher bekannten Baculovirengene ein natürliches Klassifikationssystem entwickelt werden, das die evolutionäre Verwandtschaft einzelner Baculoviren widerspiegelt. Durch die Entwicklung einer PCR-gestützten Genamplifikation und -analyse soll neben dem Klassifikationssystem eine verläßliche und effiziente molekulare Nachweismethode etabliert und validiert werden, die eine einfache Identifikation und Klassifizierung neuer Baculoviren-Isolate erlaubt.
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