Die Wadden Sea Flyway Initiative unterstützt Bemühungen zu einem verbesserten Schutz der Zugvögel des Wattenmeers auf der gesamten Ostatlantischen Zugroute von der Arktis bis hin zu Überwinterungsgebieten im südlichen Afrika. Im Zuge der Anerkennung des Wattenmeers als Weltnaturerbestätte und auf Grund seiner hohen Bedeutung für Zugvögel haben sich die Wattenmeerländer entschieden, die Zusammenarbeit mit Ländern entlang der Zugroute zu intensivieren, da auf Grund von Carry-over-Effekten (Übertragungseffekten) der Schutz der Zugvögel nur durch gemeinsame Bemühungen erfolgreich sein kann. Die Initiative hat in den vergangenen Jahren erfolgreich ein Monitoring auf der gesamten Zugroute implementiert, das Bestandsanalysen und die Untersuchung der Auswirkungen von Gefährdungen in bestimmten Gebieten möglich macht. Um konkrete Schutzmaßnahmen umsetzen zu können, wurden Initiativen vor Ort gestartet, z. B. ein „memorandum of understanding“ mit dem Nationalpark Banc d'Arguin in Mauretanien oder das nunmehr neu eingerichtete UNESCO-Biosphärenreservat Niumi in Gambia, wo gemeinsame bilaterale Aktivitäten zu ersten Erfolgen geführt haben.