Das Projekt "e:Bio - Modul III - Nachwuchsgruppe: ChlamyInt - Systembiologie der Grünalge Chlamydomonas rheinhardtii zur Ertragssteigerung Bio-basierter Kraftstoffe" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: Technische Universität München, Wissenschaftszentrum Weihenstephan, Lehrstuhl Systembiologie der Pflanzen.Die einzellige Grünalge Chlamydomonas reinhardtii kann durch Photosynthese gewonnene Energie zur Produktion von Wasserstoff (H2) und Biomasse verwenden. Der Nutzen erster quantitativer Computermodelle des Chlamydomonas Stoffwechsels ist aufgrund fehlender Information über Algenproteinfunktionen stark eingeschränkt. Protein Interaktionen spielen eine wichtige Rolle in der Strukturierung von metabolischen Prozessen. In diesem Projekt wird eine systematische, hochwertige Protein-Protein Interaktionskarte für Chlamydomonas experimentell generiert um mit Hilfe dieser biochemischen Daten existierende mathematischer Modelle des Algenstoffwechsels zu optimieren. Das Ziel ist es, mittels der so erweiterten Computermodelle Ansatzpunkte genetische Manipulationen zu finden die zu einer erhöhten Ausbeute von biotechnologisch interessanten Metaboliten führen. Zunächst wird eine ORFeome Sammlung für Chlamydomonas Enzyme, sowie strukturelle und Signaltransduktionsproteine mittels PCR, Next-Gen Sequenzierung und Hochdurchsatz Gateway Klonierung generiert. Die produzierten kodierenden Sequenzen werden in eine Roboter-gestützte qualitativ hochwertige Yeast-2-hybrid basierte Hochdurchsatzinteraktionsplattform eingespeist. Aus der Interaktionskarte werden u.a. mittels graphtheoretischer Methoden Hypothesen über neue Reaktionspfade entwickelt, die anschließend zur Verbesserung der Computermodelle und die gezielte Manipulation des Algenstoffwechsels genutzt werden.
Das Projekt "Wachstumskern Potenzial - BACT: BioAnilinCleanTec, Teilprojekt 1.1: Grundlagenforschung: Angewandte Systembiologie, Modellierung der Reaktionskinetik" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: Berliner Hochschule für Technik, Labor Biotechnikum.Das Gesamtvorhaben zielt auf die Entwicklung eines Verfahrens zum biologischen Abbau von schwerabbaubaren Substanzen im Grundwasser. Besonderheit dieses Verfahrens ist die Optimierung der einzelnen Abbauschritte zur vollständigen Schadstoff-Mineralisierung. Das Teilprojekt der BeuthHS bearbeitet die Anwendung von systembiologischen Methoden bei der Verfahrensentwicklung. Eine Optimierung des Stoffumsatzes soll auf biologischer Seite durch die Kombination der Abbauschritte aus verschiedenen Mikroorganismen erreicht werden. Der Abbau der Schadstoffe wird zunächst mit autochthonen Mikroorganismen durchgeführt. Nicht mineralisierbare Substanzen werden hinsichtlich Menge und Struktur analysiert. Zum ihrem weiteren Abbau notwendige enzymatische Schritte werden postuliert und über geeignete Mikroorganismen im Verfahren implementiert. Dies geschieht über Enzymdatenbanken (z.B. BRENDA) und Vergleich mit genomischer Information. Die entsprechenden Mikroorganismen können dann ausgewählt und in einem mehrstufigen Reaktor kultiviert werden.
Das Projekt "e:ToP - SysDT: Systembiologie-basierte Prädiktion von Entwicklungstoxikologie, Teilprojekt E" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: Technische Universität Dortmund, Lehrstuhl Statistische Methoden in der Genetik und Chemometrie.SysDT wird etablierte in vitro Tests verwenden, um mit systembiologischen Modellen Entwicklungstoxizität vorherzusagen. Um dieses Ziel zu erreichen werden systembiologische Modelle mit Transkriptom- und Funktionsanalysen kombiniert, die dazu dienen, Toxikantien zu beschreiben und deren potenzielle Risiken während der Neuroentwicklung vorherzusagen. Ein weiteres Ziel des Vorhabens ist, die mit Stammzellen bereits sehr gut etablierten Testsysteme auf induzierte pluripotente Stammzellen (iPSC) zu übertragen. Dies wird zum einen die Weiterführung mit dem best-geeigneten Modell sicherstellen und zum anderen, wird dies zu einer breiten Anwendbarkeit in viele verschiedenen Laboratorien beitragen. Dies wird dazu beitragen Tierversuche zu reduzieren. Zu Beginn des Projekts werden Gruppen von Genen identifiziert, welche sich zeitlich ähnlich verhalten. Hierfür werden Affymetrix Genchips Analysen durchgeführt. Auf Basis dieses Datensatzes sollen die generellen Kontrollmechanismen der Differenzierungen modelliert werden. Nach dieser grundlegenden Charakterisierung werden die Testsysteme mit verschiedenen Modellsubstanzen (MeHg und VPA) behandelt und die Veränderungen modelliert. In einer Follow-up Studie mit weiteren 5 mechanistisch verwandten Substanzen sollen dann robuste Biomarker identifiziert werden. Die Biomarker werden auf ihre technische Robustheit überprüft und mechanistisch validiert (plausible und nachweisbare Einbindung in Signalnetzwerke).
Das Projekt "Teilprojekt C^Teilprojekt E^e:ToP - SysDT: Systembiologie-basierte Prädiktion von Entwicklungstoxikologie^Teilprojekt D, Teilprojekt A" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: Universität Konstanz, Lehrstuhl für in vitro Toxikologie und Biomedizin.SysDT wird etablierte in vitro Tests verwenden, um mit systembiologischen Modellen Entwicklungstoxizität vorherzusagen. Um dieses Ziel zu erreichen werden systembiologische Modelle mit Transkriptom- und Funktionsanalysen kombiniert, die dazu dienen, Toxikantien zu beschreiben und deren potenzielle Risiken während der Neuroentwicklung vorherzusagen. Ein weiteres Ziel des Vorhabens ist, die mit Stammzellen bereits sehr gut etablierten Testsysteme auf induzierte pluripotente Stammzellen (iPSC) zu übertragen. Dies wird zum einen die Weiterführung mit dem best-geeigneten Modell sicherstellen und zum anderen, wird dies zu einer breiten Anwendbarkeit in viele verschiedenen Laboratorien beitragen. Dies wird dazu beitragen Tierversuche zu reduzieren. Zu Beginn des Projekts werden Gruppen von Genen identifiziert, welche sich zeitlich ähnlich verhalten. Hierfür werden Affymetrix Genchips Analysen durchgeführt. Auf Basis dieses Datensatzes sollen die generellen Kontrollmechanismen der Differenzierungen modelliert werden. Nach dieser grundlegenden Charakterisierung werden die Testsysteme mit verschiedenen Modellsubstanzen (MeHg und VPA) behandelt und die Veränderungen modelliert. In einer Follow-up Studie mit weiteren 5 mechanistisch verwandten Substanzen sollen dann robuste Biomarker identifiziert werden. Die Biomarker werden auf ihre technische Robustheit überprüft und mechanistisch validiert (plausible und nachweisbare Einbindung in Signalnetzwerke).
Das Projekt "Teilprojekt E^Teilprojekt D^e:ToP - SysDT: Systembiologie-basierte Prädiktion von Entwicklungstoxikologie, Teilprojekt C" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: Universität Köln, Institut für Neurophysiologie.SysDT wird etablierte in vitro Tests verwenden, um mit systembiologischen Modellen Entwicklungstoxizität vorherzusagen. Um dieses Ziel zu erreichen werden systembiologische Modelle mit Transkriptom- und Funktionsanalysen kombiniert, die dazu dienen, Toxikantien zu beschreiben und deren potenzielle Risiken während der Neuroentwicklung vorherzusagen. Ein weiteres Ziel des Vorhabens ist, die mit Stammzellen bereits sehr gut etablierten Testsysteme auf induzierte pluripotente Stammzellen (iPSC) zu übertragen. Dies wird zum einen die Weiterführung mit dem best-geeigneten Modell sicherstellen und zum anderen, wird dies zu einer breiten Anwendbarkeit in viele verschiedenen Laboratorien beitragen. Dies wird dazu beitragen Tierversuche zu reduzieren. Zu Beginn des Projekts werden Gruppen von Genen identifiziert, welche sich zeitlich ähnlich verhalten. Hierfür werden Affymetrix Genchips Analysen durchgeführt. Auf Basis dieses Datensatzes sollen die generellen Kontrollmechanismen der Differenzierungen modelliert werden. Nach dieser grundlegenden Charakterisierung werden die Testsysteme mit verschiedenen Modellsubstanzen (MeHg und VPA) behandelt und die Veränderungen modelliert. In einer Follow-up Studie mit weiteren 5 mechanistisch verwandten Substanzen sollen dann robuste Biomarker identifiziert werden. Die Biomarker werden auf ihre technische Robustheit überprüft und mechanistisch validiert (plausible und nachweisbare Einbindung in Signalnetzwerke).
Das Projekt "e:ToP - SysDT: Systembiologie-basierte Prädiktion von Entwicklungstoxikologie^Teilprojekt E, Teilprojekt D" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: Charite - Universitätsmedizin Berlin, Institut für Pathologie.SysDT wird etablierte in vitro Tests verwenden, um mit systembiologischen Modellen Entwicklungstoxizität vorherzusagen. Um dieses Ziel zu erreichen werden systembiologische Modelle mit Transkriptom- und Funktionsanalysen kombiniert, die dazu dienen, Toxikantien zu beschreiben und deren potenzielle Risiken während der Neuroentwicklung vorherzusagen. Ein weiteres Ziel des Vorhabens ist, die mit Stammzellen bereits sehr gut etablierten Testsysteme auf induzierte pluripotente Stammzellen (iPSC) zu übertragen. Dies wird zum einen die Weiterführung mit dem best-geeigneten Modell sicherstellen und zum anderen, wird dies zu einer breiten Anwendbarkeit in viele verschiedenen Laboratorien beitragen. Dies wird dazu beitragen Tierversuche zu reduzieren. Zu Beginn des Projekts werden Gruppen von Genen identifiziert, welche sich zeitlich ähnlich verhalten. Hierfür werden Affymetrix Genchips Analysen durchgeführt. Auf Basis dieses Datensatzes sollen die generellen Kontrollmechanismen der Differenzierungen modelliert werden. Nach dieser grundlegenden Charakterisierung werden die Testsysteme mit verschiedenen Modellsubstanzen (MeHg und VPA) behandelt und die Veränderungen modelliert. In einer Follow-up Studie mit weiteren 5 mechanistisch verwandten Substanzen sollen dann robuste Biomarker identifiziert werden. Die Biomarker werden auf ihre technische Robustheit überprüft und mechanistisch validiert (plausible und nachweisbare Einbindung in Signalnetzwerke).
Das Projekt "Dreifache Symbiose zwischen Erbsen (Pisum sativum), Rhizobien und Mykorrhiza: Effekte auf die Symbionten, die Wirtspflanze und einen pilzlichen Schaderreger" wird/wurde gefördert durch: Fonds zur Förderung der Wissenschaftlichen Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: Universität für Bodenkultur Wien, Department für Nutzpflanzenwissenschaften, Abteilung für Pflanzenbau.In Reaktion auf den zunehmenden Anspruch der Gesellschaft an die Landwirtschaft, negative Auswirkungen auf Umwelt und Landschaft zu begrenzen, nimmt die Bedeutung von Leguminosen im Anbau zu. Die Erbse (Pisum sativum L.) ist eine der ältesten domestizierten Arten weltweit. Sie zeigt vielfältige Vorzüge für Anbauer und Verbraucher. Allerdings können Krankheiten wie Mycosphaerella pinodes die Produktivität mindern. Der Pilz kann schwere Ertragseinbußen verursachen, weil Blattläsionen die photosynthetisch aktive Pflanzenoberfläche reduzieren. Wenn auch bedeutende Effekte einer unterirdischen Symbiose aus Leguminosenwurzel, Rhizobien und Mykorrhiza auf Wachstum und Qualitätseigenschaften der Erbse beobachtet wurden, fehlen Studien zu den Effekten der Symbiosen auf die Pflanzengesundheit sowie zu Rückwirkungen von Infektionen auf die Symbiosen. In mehrfaktoriellen Versuchsdesigns sollen diese komplexen Wechselwirkungen untersucht werden, wobei moderne massenspektrometrische Techniken der Metabolomics und Proteomics im Vordergrund stehen, die durch klassische Analysen von Pflanzenwachstum und -entwicklung sowie der symbiontischen Interaktionen ergänzt werden.
Das Projekt "Mehrskalen-Stoffwechselmodelle von Getreiden: ein integrativer systembiologischer Ansatz für die Biomasseforschung, Mehrskalen-Stoffwechselmodelle von Getreiden: Ein integrativer systembiologischer Ansatz für die Biomasseforschung Ausschreibung: BioEnergie 2021 - Forschung für die Nutzung von Biomasse / Modul B1: Systembiologie" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: SunGene GmbH.
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|---|---|
| Bund | 8 |
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| Förderprogramm | 8 |
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| offen | 8 |
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| Deutsch | 8 |
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| Keine | 3 |
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| Boden | 6 |
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