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Charakterisierung eines hypovirulenten Chrysovirus aus Fusarium graminearum: Prozessierung der viralen Proteine, Replikation und Infektion

Das Projekt "Charakterisierung eines hypovirulenten Chrysovirus aus Fusarium graminearum: Prozessierung der viralen Proteine, Replikation und Infektion" wird/wurde gefördert durch: Deutsche Forschungsgemeinschaft. Es wird/wurde ausgeführt durch: Universität Hamburg, Fachbereich Biologie, Biozentrum Klein Flottbek und Botanischer Garten.Das Isolat Fusarium graminearum China 9 (Fg-ch9) zeigt nach Infektion auf Weizen und Mais gegenüber anderen Isolaten, wie dem Wildtyp Fg-PH1, eine verringerte Virulenz. Dieses Phänomen der Hypovirulenz ist von einigen filamentösen phytopathogenen Pilzen beschrieben worden und wird durch Mykoviren verschiedener Genera verursacht. Auch aus dem Fg-ch9 konnte ein isometrisches 35 bis 40 nm Mykovirus isoliert werden (V-ch9), dessen Sequenz eine hohe Ähnlichkeit mit Chrysoviren (Familie Chrysoviridae) aufweist. Das Genom dieses Mykovirus ist auf fünf dsRNAs verteilt, auf welchem jeweils ein Offenes Leseraster (ORF) für Proteine zwischen 79 und 127 kDa kodiert. Das 127 kDa Protein des ORF von RNA 1 kodiert für die RNA-abhängige RNA Polymerase, welche Bestandteil des Partikels ist. Die Translationsprodukte der ORFs von RNA 2 und RNA 3 bilden als prozessierte Derivate das Kapsid. Das Translationsprodukt von RNA 5 ist nicht Bestandteil des Partikels und weist Zink-Finger Motive auf. Für dieses Protein wurde die Fähigkeit zur Suppression von gene silencing nachgewiesen. Ob das Translationsprodukt von RNA 4 prozessiert wird und welche Funktion es hat, ist gegenwärtig unklar. Das Interesse an Mykoviren ist erst in den letzten Jahren gestiegen, so dass die Replikation und Interaktionen zwischen Pilz und Virus wenig erforscht sind. Nach der Sequenzierung und Klonierung der viralen RNAs des V-ch9 und ersten Analysen zur Funktion der von den ORFs exprimierten Proteine und deren Prozessierung sollen deswegen im nächsten Schritt die Prozessierung sowie das zeitliche Auftreten während der Replikation genauer untersucht werden. Aus diesen Daten können möglicherweise Rückschlüsse auf deren Funktion(en) gezogen werden. Die genaue Analyse der Funktion muss dann in einem weiteren Schritt mit Hilfe der Reversen Genetik analysiert werden. Da dsRNA Viren für ihre Replikation ihre RNA-abhängige RNA Polymerase und eine schützende Hülle benötigen, ist für das V-ch9 und alle anderen dsRNA Mykoviren die Reverse Genetik zwar prinzipiell möglich, jedoch ungleich aufwändiger als für ssRNA Viren, bei denen eine virale RNA infektiös ist. Neben dem System an sich fehlen für das Virus aus Fg-ch9 eine einfache Methode der Infektion und ein Wirt, in dem das Virus stabil repliziert. Hier sollen über die Testung der Infektion über Anastomosen und die Etablierung eines geeigneten Wirtes für die Replikation über Eliminierung des Virus aus Fg-ch9 bzw. Modifikation eines Laborstammes von F. graminearum weitere Voraussetzungen für das Etablieren eines Systems zur Reversen Genetik geschaffen werden.Bei Kenntnis der Replikation und Kenntnis der Funktion der viralen Proteine können Konzepte für den Einsatz der Hypovirulenz in der Praxis entwickelt werden.

Alternativmethoden : AutoMock - Entwicklung eines vollautomatisierten in vitro Teststands (Mock Loop) - Ein künstlicher Kreislauf als Ersatzmethode zur Biokompatibilitätstestung von Membranoxygenatoren und zur Transplantationssimulation, Weiterentwicklung des 'AutoMock' Systems als Ersatzmethode für Tierversuche und eine potenzielle Anwendung in dem klinischen Szenario 'Organ-Restaurierung' - Teilprojekt B

Das Projekt "Alternativmethoden : AutoMock - Entwicklung eines vollautomatisierten in vitro Teststands (Mock Loop) - Ein künstlicher Kreislauf als Ersatzmethode zur Biokompatibilitätstestung von Membranoxygenatoren und zur Transplantationssimulation, Weiterentwicklung des 'AutoMock' Systems als Ersatzmethode für Tierversuche und eine potenzielle Anwendung in dem klinischen Szenario 'Organ-Restaurierung' - Teilprojekt B" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: RWTH Aachen University, Fachgruppe Informatik, Lehrstuhl für Informatik 11 - Embedded Software.

Alternativmethoden : AutoMock - Entwicklung eines vollautomatisierten in vitro Teststands (Mock Loop) - Ein künstlicher Kreislauf als Ersatzmethode zur Biokompatibilitätstestung von Membranoxygenatoren und zur Transplantationssimulation, Weiterentwicklung des 'AutoMock' Systems als Ersatzmethode für Tierversuche und eine potenzielle Anwendung in dem klinischen Szenario 'Organ-Restaurierung' - Teilprojekt A

Das Projekt "Alternativmethoden : AutoMock - Entwicklung eines vollautomatisierten in vitro Teststands (Mock Loop) - Ein künstlicher Kreislauf als Ersatzmethode zur Biokompatibilitätstestung von Membranoxygenatoren und zur Transplantationssimulation, Weiterentwicklung des 'AutoMock' Systems als Ersatzmethode für Tierversuche und eine potenzielle Anwendung in dem klinischen Szenario 'Organ-Restaurierung' - Teilprojekt A" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: RWTH Aachen University, Universitätsklinikum Aachen, Klinik für Anästhesiologie.

RoBoPub - Verbesserung der Öffentlichen Gesundheit durch ein besseres Verständnis der Epidemiologie nagetierübertragener Krankheiten, Epidemiologie von Seroprävalenzen und Einflussfaktoren in Risikogruppen sowie Translation der Ergebnisse für den Öffentlichen Gesundheitsdienst

Das Projekt "RoBoPub - Verbesserung der Öffentlichen Gesundheit durch ein besseres Verständnis der Epidemiologie nagetierübertragener Krankheiten, Epidemiologie von Seroprävalenzen und Einflussfaktoren in Risikogruppen sowie Translation der Ergebnisse für den Öffentlichen Gesundheitsdienst" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: Niedersächsisches Landesgesundheitsamt.

Risikowahrnehmung der Öffentlichkeit und Sensibilisierung der Ärzte in endemischen Regionen - (Teilvorhaben 7)^Determinanten räumlich-zeitlicher Schwankungen in der Pathogenprävalenz bei Nagetierwirten und Menschen^Nagetier-Monitoring und Screening auf pathogene Leptospiren in Niedersachsen (TP4)^RoBoPub - Verbesserung der Öffentlichen Gesundheit durch ein besseres Verständnis der Epidemiologie nagetierübertragener Krankheiten, Einflussfaktoren in Risikogruppen sowie Translation der Ergebnisse für den Öffentlichen Gesundheitsdienst (TP 8)

Das Projekt "Risikowahrnehmung der Öffentlichkeit und Sensibilisierung der Ärzte in endemischen Regionen - (Teilvorhaben 7)^Determinanten räumlich-zeitlicher Schwankungen in der Pathogenprävalenz bei Nagetierwirten und Menschen^Nagetier-Monitoring und Screening auf pathogene Leptospiren in Niedersachsen (TP4)^RoBoPub - Verbesserung der Öffentlichen Gesundheit durch ein besseres Verständnis der Epidemiologie nagetierübertragener Krankheiten, Einflussfaktoren in Risikogruppen sowie Translation der Ergebnisse für den Öffentlichen Gesundheitsdienst (TP 8)" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: Niedersächsisches Landesgesundheitsamt.Hochrisikogruppen sind primäre Zielgruppen für Prävention und dort können Effekte effizienter untersucht werden. In zwei Hochrisikogruppen wird daher untersucht, wie viele Personen Leptospiren- und Hantavirus-Infektionen durchgemacht haben, der Anteil von asymptomatischen oder nicht diagnostizierten Infektionen, und die Assoziation mit Risikofaktoren oder Präventionsverhalten. Vergleiche mit eigenen Voruntersuchungen sollen Trendentwicklungen aufzeigen. Für eine dritte Risikogruppe wird eine vergleichbare Studie vorbereitet. Weiteres Ziel ist es, die Anforderungen des öffentlichen Gesundheitsdienstes (ÖGD) zu berücksichtigen und darauf aufbauend Risikokarten und einen Frühwarnmechanismus zu entwickeln und dem ÖGD als Werkzeuge zur Verfügung zu stellen. Zum Umgang mit den Frühwarnungen soll für den ÖGD ein Konzept für einen Risikomanagementplan erstellt werden, bei dem die primäre und sekundäre Prävention berücksichtigt wird.

H2020-EU.3.5. - Societal Challenges - Climate action, Environment, Resource Efficiency and Raw Materials - (H2020-EU.3.5. - Gesellschaftliche Herausforderungen - Klimaschutz, Umwelt, Ressourceneffizienz und Rohstoffe), European Research Area for Climate Services (ERA4CS)

Das Projekt "H2020-EU.3.5. - Societal Challenges - Climate action, Environment, Resource Efficiency and Raw Materials - (H2020-EU.3.5. - Gesellschaftliche Herausforderungen - Klimaschutz, Umwelt, Ressourceneffizienz und Rohstoffe), European Research Area for Climate Services (ERA4CS)" wird/wurde gefördert durch: Kommission der Europäischen Gemeinschaften Brüssel. Es wird/wurde ausgeführt durch: Agence Nationale de la Recherche.Within the European Research Area (ERA), the ERA4CS Consortium is aiming to boost, research for Climate Services (CS), including climate adaptation, mitigation and disaster risk management, allowing regions, cities and key economic sectors to develop opportunities and strengthen Europe's leadership. CS are seen by our consortium as driven by user demands to provide knowledge to face impacts of climate variability and change, as well as guidance both to researchers and decision? makers in policy and business. We will focus on the development of a 'climate information translation' layer bridging 'user communities' and 'climate science system'. It implies the development of tools, methods, standards and quality control for reliable, qualified and tailored information required by the various field actors for smart decisions. ERA4CS will boost the JPI Climate initiative by mobilizing more deeply, within EU Member States and Associated Countries, by involving both the research performing organizations (RPOs) and the research funding organizations (RFOs), the distinct national climate services and the various disciplines of academia, including Humanities and Social Sciences. We will launch a joint transnational co-funded call, with over 16 countries and up to 75M€, with two complementary topics: (i) a 'cash' topic, supported by 12 RFOs, on co-development for user needs and action-oriented projects; (ii) an 'in-kind' topic, supported by 28 RPOs, on institutional integration of the research components of national CS. Finally, ERA4CS additional activities will initiate a strong partnership between JPI Climate and others key European and international initiatives (as Copernicus, KIC-Climate, JPIs, WMO/GFCS, Future Earth, Belmont Forum...) in order to work towards a common vision and a multiyear implementation strategy, including better co-alignment of national programs and activities up to 2020 and beyond.

Energieforschung (e!MISSION), EISBALL: Standortsspezifische Simulation von Eisfall und Eiswurf von Windenergieanlagen mittels ballistischer Modelle

Das Projekt "Energieforschung (e!MISSION), EISBALL: Standortsspezifische Simulation von Eisfall und Eiswurf von Windenergieanlagen mittels ballistischer Modelle" wird/wurde gefördert durch: Österreichische Forschungsförderungsgesellschaft mbH (FFG). Es wird/wurde ausgeführt durch: Universität für Bodenkultur Wien, Institut für Sicherheits- und Risikowissenschaften.Windenergie soll im zukünftigen Energiemix Österreich eine wichtige Rolle spielen. Hierbei wird der Ausbau der Windenergie unter anderem dadurch beschränkt, dass zahlreiche Gunstflächen bereits genutzt wurden. Auch der bereits stattfindende Austausch älterer Anlagen durch leistungsstärkere (Repowering) an Gunststandorten ist hinsichtlich der politischen Zielsetzung nicht ausreichend. Daher müssen neue Flächen erschlossen werden, wodurch technisch anspruchsvollere Standorte wie zum Beispiel Wald und (vor-)alpine Gegenden interessant werden. Mit zunehmender Komplexität des Geländes bzw. größerer Vereisungshäufigkeit steigt auch die Bedeutung von Risikoanalysen zum Eisfall bzw. -wurf. Dafür werden üblicherweise ballistische Modelle eingesetzt, die zur Berechnung der Fallweiten dienen. Die derzeit eingesetzten Modelle weisen jedoch wesentliche Schwachstellen auf. So zeigt der Vergleich zwischen Experimenten und Modellrechnungen, dass keines der bisherigen Modelle die Fallweiten befriedigend reproduzieren kann. Weiters sind für die bestehenden Modelle keine Zuverlässigkeitsgrenzen bekannt, wodurch aus Sicherheitsgründen wesentlich höhere Abstände von Windkraftanlagen zu Infrastrukturen gewählt werden müssen. Schließlich wurden die verwendeten Simulationsprogramme zumeist für ebenes oder gleichmäßig geneigtes Terrain ausgelegt, komplexere Strukturen werden schlecht oder gar nicht erfasst. Das vorliegende Projekt nimmt sich dieser Probleme durch die Entwicklung eines neuartigen Modells und dazugehöriger Simulationswerkzeuge an. Als Datenbasis dienen hierbei Beobachtungen und 1:1-Experimente. Letztere haben den entscheidenden Vorteil, wetterunabhängig große Stichprobenzahlen zu ermöglichen, wodurch statistisch signifikante Aussagen möglich werden. Bei den Experimenten werden Probekörper von WEA fallen gelassen oder abgeworfen. Die verwendeten Probekörper basieren auf 3D-Scans von realen Eisfragmenten, welche in Vorprojekten gefunden und digitalisiert wurden. Mit Hilfe eines 3D-Druckverfahrens können diese in passender Dichte und ausreichender Anzahl reproduziert werden. Diese Herangehensweise stellt ein Alleinstellungsmerkmal dar, da diese Methode von keinem anderen Akteur in diesem Forschungsfeld eingesetzt werden kann bzw. wird. Die prinzipielle Machbarkeit dieser Studien wurde vom Projektwerber in Vorprojekten gezeigt und geeignete Vorrichtungen entwickelt. Das Modell selbst basiert auf einem Modell mit sechs Freiheitsgraden (6 Degrees of Freedom Model), für die vollständige Abbildung aller Möglichkeiten von Translation und Rotation. Gegenüber anderen Modellen werden hier neben dem Strömungswiderstand auch zusätzliche Kräfte durch Autorotation berücksichtigt. Die dafür notwendigen Parameter werden durch numerische Strömungsmechanik (Computational Fluid Dynamics) ermittelt. Das Modell wird in eine Simulationsumgebung eingebettet, die sowohl Brüche der Eisfragmente während des Fallens berücksichtigt, als auch komplexes Terrain. (Text gekürzt)

Teilprojekt C^e:ToP-Translation - SysDT-Trans - Translation von Systembiologie-basierten entwicklungstoxikologischen in vitro Testmethoden in die Anwendung^Teilprojekt E^Teilprojekt D, Teilprojekt B

Das Projekt "Teilprojekt C^e:ToP-Translation - SysDT-Trans - Translation von Systembiologie-basierten entwicklungstoxikologischen in vitro Testmethoden in die Anwendung^Teilprojekt E^Teilprojekt D, Teilprojekt B" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: Forschungsgesellschaft für Arbeitsphysiologie und Arbeitsschutz e.V. - Leibniz-Institut für Arbeitsforschung an der TU Dortmund (IfADo).Nachdem im e:ToP Pilotprojekt SysDT die wissenschaftlichen Grundlagen für in vitro Tests für Entwicklungstoxizität gelegt wurden, soll das aktuell beantragte Projekt den Transfer in die Anwendung erreichen. Hierdurch sollen konkrete Tierversuche zur Erfassung von Reproduktions- und Entwicklungstoxizität ersetzt werden. Zunächst soll bei konzentrationsabhängiger Untersuchung von 40 Substanzen, deren in vivo Toxizität bekannt ist, die Prädiktivität des in vitro Systems ermittelt und ein Prädiktionsmodell aufgestellt werden. Durch Reduktion auf die Schlüsselelemente des komplexen Systems soll die Testdurchführung einfacher und kostengünstiger gestaltet werden. Ein weiteres Ziel besteht in der phänotypischen Verankerung von Transkriptomdaten, wobei insbesondere verstanden werden soll, welche transkriptionellen Netzwerke die Bildung neuronaler Rosetten, als in vitro Korrelat der korrekten oder gestörten Neuralrohrbildung, kontrollieren. Um den Transfer in die Anwendung gezielt voranzubringen, sollen Entwicklungssubstanzen aus der Pharmaindustrie verblindet getestet werden. Schließlich erfolgt die Integration des Testsystems in die zur Zeit üblichen Testbatterien und der Transfer in kooperierende Labors. Im Teilprojekt IFADO wird mittels einer Imaging und Bildanalysen-Pipeline die Rosettenbildung und ihre Störung durch Chemikalien quantitativ beschrieben werden Der Arbeitsplan dieses Subprojekts gliedert sich in folgende Arbeitspakete: (1) Etablierung einer Pipeline für Imaging und Bildanalyse der für die Rosettenbildung verantwortlichen Zelltypen. (2) Anwendung der Pipeline auf Zellen des UKN1 und UKK-Zellsystems nach Konzentrations- und zeitabhängiger Exposition gegenüber Prüfsubstanzen. (3) Phänotypische Verankerung der mittels Imaging identifizierten Veränderungen in Relation zu den Genexpressionsveränderungen.

Teilprojekt E^e:ToP-Translation - SysDT-Trans - Translation von Systembiologie-basierten entwicklungstoxikologischen in vitro Testmethoden in die Anwendung^Teilprojekt D, Teilprojekt C

Das Projekt "Teilprojekt E^e:ToP-Translation - SysDT-Trans - Translation von Systembiologie-basierten entwicklungstoxikologischen in vitro Testmethoden in die Anwendung^Teilprojekt D, Teilprojekt C" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: Universität Köln, Universitätsklinikum Köln AöR, Medizinische Fakultät, Zentrum für Physiologie und Pathophysiologie.Nachdem im e:ToP Pilotprojekt SysDT die wissenschaftlichen Grundlagen für in vitro Tests für Entwicklungstoxizität gelegt wurden, soll das aktuell beantragte Projekt den Transfer in die Anwendung erreichen. Hierdurch sollen konkrete Tierversuche zur Erfassung von Reproduktions- und Entwicklungstoxizität ersetzt werden. Zunächst soll bei konzentrationsabhängiger Untersuchung von 40 Substanzen, deren in vivo Toxizität bekannt ist, die Prädiktivität des in vitro Systems ermittelt und ein Prädiktionsmodell aufgestellt werden. Durch Reduktion auf die Schlüsselelemente des komplexen Systems soll die Testdurchführung einfacher und kostengünstiger gestaltet werden. Ein weiteres Ziel besteht in der phänotypischen Verankerung von Transkriptomdaten, wobei insbesondere verstanden werden soll, welche transkriptionellen Netzwerke die Bildung neuronaler Rosetten, als in vitro Korrelat der korrekten oder gestörten Neuralrohrbildung, kontrollieren. Um den Transfer in die Anwendung gezielt voranzubringen, sollen Entwicklungssubstanzen aus der Pharmaindustrie verblindet getestet werden. Schließlich erfolgt die Integration des Testsystems in die zurzeit üblichen Testbatterien und der Transfer in kooperierende Labors. In dem Teilprojekt des Partners UKK sollen insbesondere Untersuchungen zur Differenzierung von humanen pluripotenten Stammzellen zur den verschiedenen Keimblättern und weiter zu Kardiomyozyten in Gegenwart und Abwesenheit von verschiedenen embryotoxischen Substanzen durchführt. Des Weiteren sollen mittels humaner Gen-Expressions-Microarrays, embryotoxische bzw. kardiotoxische Genesignaturen ermittelt werden. Alle Gen-Array Untersuchungen, sowohl von UKN als auch vom UKN werden in der zentralen Gen-Expressionslaboreinheit im UKK, welche in das im ZMMK-Gebäude (http://www.cmmc-uni-koeln.de/core-facilities/gene-expression-affymetrix-facility/ ) untergebracht ist, durchgeführt. Siehe detaillierten Arbeitsplan in der Anlage (siehe Seite 11)

Teilprojekt B^e:ToP-Translation - SysDT-Trans - Translation von Systembiologie-basierten entwicklungstoxikologischen in vitro Testmethoden in die Anwendung^Teilprojekt C^Teilprojekt E^Teilprojekt D, Teilprojekt A

Das Projekt "Teilprojekt B^e:ToP-Translation - SysDT-Trans - Translation von Systembiologie-basierten entwicklungstoxikologischen in vitro Testmethoden in die Anwendung^Teilprojekt C^Teilprojekt E^Teilprojekt D, Teilprojekt A" wird/wurde gefördert durch: Bundesministerium für Bildung und Forschung. Es wird/wurde ausgeführt durch: Universität Konstanz, Mathematisch- Naturwissenschaftliche Sektion, Fachbereich Biologie.

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