Das Phytohormon Abscisinsäure (ABA) spielt eine zentrale Rolle in der Stressadaption der Pflanze. Abiotische Signale wie Trockenheit und Kälte sowie biotische Interaktionen führen zu einer Aktivierung des ABA-Signalweges. Die ABA vermittelten Reaktionen wie die Regulation der Stomataöffnung und des Wachstums interferieren mit anderen Phytohormon-Signalwegen. Die Integration verschiedener endogener Signale in Pflanzen ist weitgehend unverstanden. In diesem Teilprojekt soll die molekulare Vernetzung des ABA-Signalweges mit Auxin- und Ethylen-vermittelten Reaktionen entschlüsselt werden.
Vakuolen dienen als Hauptspeicherorgan der Pflanzen, und sie sind für die Samenreifung, die Fruchtbildung und die Rhizomentwicklung wichtig. Vakuolen sind auch essentiell für das Pflanzenwachstum, da sie zum Streckungswachstum der Zellen beitragen. Trotz ihrer Wichtigkeit für Pflanzen sind die Vakuolenbiogenese und Erhaltung nicht gut erforscht und verstanden. Im beantragten Projekt möchten wir den molekularen Mechanismus der Biogenese und Erhaltung dieses dynamischen Organells aufklären, indem wir vacuole fusion defective-Mutanten und die kleine GTPase RAB7:G von Arabidopsis analysieren.
Ovulen sind von agronomischem Interesse, da sie die Vorläufer der Samen, der hauptsächlichen menschlichen Nahrungsquelle, darstellen. Ihre Gewebemorphogenese ist nicht verstanden, hängt in Arabidopsis aber von der interzellulären Signalübermittlung durch die Rezeptorkinase STRUBBELIG ab. Zwei weitere membrangebundene Komponenten dieser Signalkette wurden genetisch identifiziert. ZERZAUST ist eine vorhergesagte beta-1,3 Glukanase, während QUIRKY mehrere C2-Domänen besitzt. Die molekularen Funktionen von ZERZAUST und QUIRKY sollen analysiert, und die Interaktionen zwischen den drei Zelloberflächenproteinen untersucht werden.
Mehltaupilze sind obligat biotrophe Phytopathogene, die agronomisch relevant sind und in enge Beziehungen zu ihren Wirtspflanzen treten. Die Interaktion zwischen Gerste (Hordeum vulgare) und ihrem Mehltaupilz, Blumeria hordei, steht im Fokus unserer Forschungsarbeiten. In der zweiten Förderphase von FOR5116 werden wir auf den Resultaten aufbauen, die wir beim Studium der Kommunikation über extrazelluläre RNA zwischen Gerste und B. hordei während der ersten Förderperiode erhalten haben. Ein Schlüsselbefund ist die Entdeckung des Auftretens ortsspezifischer kleiner RNAs (sRNAs) in pilzlichen Hyphen und Haustorien, infizierter Epidermis der Gerste, einer angereicherten Vesikelfraktion der Epidermis, und extrazellulären Vesikeln. Außer kanonischen sRNAs der Wirtspflanze und des pilzlichen Pathogens haben wir unerwarteterweise auch eine Anreicherung spezifischer Fragmente von 5.8 ribosomaler RNA der Gerste in extrazellulären Vesikeln und infizierter Epidermis sowie spezieller Transfer-RNA-Fragmente von B. hordei in Haustorien entdeckt. Zusammenfassend deuten diese Befunde auf eine Überführung von sRNAs über Grenzen biologischer Reiche hinweg in der Gerste-Mehltau-Interaktion hin. In der zweiten Förderphase möchten wir die biologische Signifikanz dieser Ergebnisse untersuchen. Hierzu haben wir bereits ein umfangreicheres Experiment zur Erfassung der sRNAs initiiert, welches auch mRNA- und Degradom-Sequenzierungen beinhaltet, um mögliche Zielgene der sRNAs in beiden Interaktionspartnern zu identifizieren. Wir werden weiterhin selektierte sRNAs im Kontext der Interaktion überexprimieren und binden (mittels STTM-Technologie) und ihre Wirksamkeit zum Stummschalten von Genen mithilfe eines speziellen Reportersystems überprüfen. Ferner werden wir die Fähigkeit der gefundenen Transfer-RNA- und ribosomalen RNA-Fragmente, mit dem Prozess der Translation zu interferieren, untersuchen. Da robuste Marker für extrazelluläre Vesikel wichtig für zellbiologische Studien sind, werden wir eine fortgeschrittene Proteom-Analyse von angereicherten und gereinigten Fraktionen extrazellulärer Vesikel durchführen. Schließlich möchten wir die RNA-bindenden Proteine, die mit den von uns gefundenen sRNAs assoziiert sind, erkunden. Da Argonaut-Proteine hierfür offensichtliche Kandidaten sind, werden wir diese anreichern, z.B. mithilfe der neuartigen TraPR und AGO-APP-Ansätze. Wir werden auch die Untersuchung des RNase-artigen Effektorproteins BEC1015/CSEP0064 fortsetzen, welches ein Mitglied einer großen Superfamilie in B. hordei und ein vielversprechender Kandidat für sRNA-Bindung ist. Wir werden einerseits in gezielter Weise die in vitro RNA-Bindungskapazität dieses Effektorproteins testen. Andererseits werden wir fortgeschrittene CLIP-Methoden verwenden, um RNAs anzureichern, die in vivo an dieses Effektorprotein gebunden sind. Zusammengenommen versprechen diese experimentellen Ansätze, die Rolle des RNA-Transfers im Verlauf der Gerste-Mehltau-Interaktion weiter zu erhellen.
Wir wollen die Doppelrolle polymorpher Defensine und Defensin-ähnlicher Proteine (DEFLs) für den Fortpflanzungserfolg und die Pathogenabwehr untersuchen. In der Nutzpflanze Mais werden Narbenfäden und Samenanlagen gleichermaßen von Pollenschläuchen und pathogenen Pilzfäden penetriert. In einem vergleichenden Ansatz sollen daher DEFL-regulierte Signalmechanismen in beiden Geweben identifiziert, und die molekulare Interaktion ausgewählter DEFL-Subklassen mit ihren Zielproteinen analysiert werden. Langfristig sollen hierdurch inner- und zwischenartliche präzygotische Kreuzungsbarrieren überwunden und Pilzresistenz bei Kulturpflanzen erzeugt werden.
Pflanzen müssen Informationen über Umweltbedingungen in Entwicklungsprogramme umsetzen. Ein Großteil dieser Umsetzung geschieht durch Phytohormon-abhängige Signaltransduktionsprozesse. Aufgrund der Tatsache, dass diese Prozesse die meisten Pflanzenwuchseigenschaften kontrollieren, spielt die biotechnologische oder züchterische Modulation dieser Prozesse eine wichtige Rolle in der Landwirtschaft. Um das Wissen über Phytohormon-abhängige Signaltransduktionsprozesse und deren cross-talk zu steigern, produzieren wir zur Zeit eine systematische Karte des Pflanzenhormon-Signaltransduktionsnetzwerks mit Hilfe einer fortgeschrittenen Interaktomkartierungs-Pipeline und bioinformatischen Modellierungen. Wir möchten nun eine genauere Analyse dieses Netzwerks im Hinblick auf seine Dynamik und Funktionalität durchführen und ausgewählte Netzwerke validieren.
Die Interaktion der Gameten während der doppelten Befruchtung ist essentiell für den Befruchtungserfolg und damit für die Ertragshöhe. Im Rahmen dieses Projekts werden Proteine identifiziert und untersucht, die an der Zelloberfläche von Gameten exprimiert werden und essentiell für die Interaktion der Gameten und für den Befruchtungserfolg sind. Ihre Rolle im molekularen Mechanismus der doppelten Befruchtung soll analysiert und potentielle Interaktionspartner identifiziert werden. Die subzelluläre Lokalisierung und Protein-Protein-Interaktionen während der Erkennung, Adhäsion und Fusion der Gameten sollen im Detail untersucht werden. Eine funktionelle Komplementierung durch mutmaßliche Orthologe aus verschiedenen Kulturpflanzen soll im jeweiligen Mutanten Hintergrund durchgeführt werden.
Obwohl Mikroalgen wesentlich zur globalen CO2-Fixierung beitragen, sind ihre Interaktionen mit anderen Mikroben kaum bekannt. Wir haben entdeckt, dass das Bakterium Pseudomonas protegens das Wachstum der Bodenalge Chlamydomonas reinhardtii hemmt, sie entgeißelt und ihre Morphologie verändert. Daran ist eine Vielzahl bakterieller Waffen beteiligt, wie ein cyclisches Lipopeptid und ein Polyin. Die Interaktion wird von abiotischen und biotischen Faktoren beeinflusst. Wir werden nun die beteiligten Regulationsmechanismen im Detail untersuchen und sie mit einem marinen Chlamydomonas-basierten Modellsystem vergleichen, um zum Verständnis der Primärproduktion und zur Kontrolle von Algenblüten beizutragen.
Programmierter Zelltod als Voraussetzung für Entwicklung und Ertrag von Nutzpflanzen wird von Papain-artigen Cystein-Endopeptidasen bewerkstelligt, die ein KDEL-Rückhaltesignal für das Endoplasmatische Reticulum am C-Terminus tragen und nur in Pflanzen vorkommen. Wir möchten ihre Funktion im entwicklungsbedingten Zelltod, d. h. in der Gametophytenentwicklung, in der Samen- und in der Fruchtreifung, sowie in der Pathogenabwehr, d. h. nach Infektion mit biotrophen (Erysiphe cruciferarum), mit hemi-biotrophen (Piriformospora indica) und mit necrotrophen Pilzen (Alternaria brassicicola) untersuchen.
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