We provide metabarcoding data (number of reads per operational taxonomic unit, OTU) determined from sediment samples collected on the sandy-beach water line of Ahrenshoop (Baltic Sea). Five sampling stations lay within the zone impacted by the sand nourishment between the boundary of the nature reserve in the north east and a site just north of the breakwater (AH01-AH05). An unaffected reference station was located south of Ahrenshoop (close to Niehagen) at the end of the road Pappelallee (PAP). Samples were collected at four dates. The first sampling was carried out before the sand nourishment took place (T0: 14 and 16 September 2021). Three samplings were realised after the impact: T1 (23 March 2022), T2 (27 September 2022), and T3 (28 March 2023). Latitude and longitude of each sampling location per station were recorded at each sampling date using a hand-held GPS application on a mobile phone. At the stations sampling locations varied over time. Prior to the sand nourishment the beach was narrow due to sand erosion in previous years. After the nourishment the additional extent of the beach was approximately 40 m at sampling date T1. Subsequently, progressive sand erosion forced the sampling locations (situated at the water line) further inland at T2 and T3.
Samples were taken from the beach-water interface (water line) in the middle of the area between two groynes. Plexiglass cores (inner core diameter 5.4 cm) were inserted vertically into the sediment down to 15 cm depth. Each core was sliced in 5 cm-layers (0-5, 5-10 and 10-15 cm). Sediment horizons were preserved in 96-99% ethanol.
Three cores (2 cores at T0) per sampling date were taken for metabarcoding analyses. The organisms were extracted by decantation over a 32-μm sieve. Genomic DNA was extracted from the filters using the DNeasy PowerSoil pro kit (Qiagen). Realtime-PCR was performed to amplify V1&V2, two hypervariable regions of 18S rDNA gene. The sequencing run was performed using the MiSeq Reagent Nanokit v2 (250 cycles paired end) on an Illumina MiSeq platform at the DZMB Metabarcoding lab in Wilhelmshaven, Germany. High-resolution amplicon sequence variants (ASVs) were obtained and compared to the NCBI database to assign taxonomic information to each ASV. The target meiofauna ASVs were further classified into operational taxonomic units (OTUs) with a 3% cut-off threshold using the statistical software R. Here, we present two Tables: (1) the taxonomic description of the 843 OTUs and their assigned ID number; (2) the number of reads per OTU per sample.
The metabarcoding data are part of a larger ecological study on the influence of sand nourishment on meiofauna communities, which included grain-size and meiofauna abundances (see Related to and Supplement to).
In dem Projekt „eDNA-basierte Verfahren in der behördlichen Praxis“ hat die Universität Duisburg-Essen eine Flächenstudie an Fließgewässern durchgeführt, um das Potenzial genetischer Methoden (DNA-Metabarcoding) zur Beurteilung des ökologischen Zustands für die in der Bewertungspraxis der Wasserrahmenrichtlinie genutzten Biologischen Qualitätselemente zu testen. Die Ergebnisse zeigen, dass DNA basierte Methoden eine qualitativ hochwertige, effiziente und kostengünstige Ergänzung zu den klassischen morpho-taxonomischen Methoden ist. In dem Vorhaben haben die Fachleute Protokolle für den gesamten Arbeitsablauf, Software Lösungen für die Auswertung der Daten sowie Arbeitshilfen für die Bewertung erarbeitet.
a) Zielstellung: Metabarcoding verspricht eine bessere Erfassung der Artenzusammensetzung in Gewässern und bietet sich als kostengünstige und tierschutzgerechte Alternative zu den aufwändigen klassischen Verfahren an. Das Vorhaben wird die Präzision bewerten, mit der Barcoding- und Metabarcoding-Verfahren Fischarten (und ggfs. auch Taxa des Makrozoobenthos), ihre Abundanzen und die Zusammensetzung von Artengemeinschaften in Gewässerproben nachweisen. Der LAWA-Expertenkreis Fließgewässer Biologie wird an dem Vorhaben beteiligt. Außerdem ist mindestens ein Bundesland Partner in dem Vorhaben. Es werden u.a. Flächen aus dem Messnetz der Bundesländer ausgewählt. Die Aussagekraft der Ergebnisse wird im Blick auf die räumliche und zeitliche Entwicklung von Fischgemeinschaften geprüft und mit den Monitoringdaten der Länder verglichen. Es werden Maßnahmen zur Qualitätssicherung der genetischen Ansätze vorgeschlagen. Die erforderlichen Schritte und Kosten für eine mögliche Einbettung eDNA basierter Methoden in das behördliche Gewässermonitoring werden ermittelt. Es werden Vorschläge für Intervalle und Messstellen der Probenahme abgeleitet. Dazu gehören so genannte ,Wetterstationen', die eine Frühwarnfunktion für Veränderungen der Biodiversität haben und eDNA Proben archivieren. b)Output: Aus den Vergleichen der eDNA basierten Ansätzen mit den klassischen Verfahren der biologischen Fischbewertung werden Empfehlungen für ein qualitätsgesichertes integriertes Fischmonitoring abgeleitet. Der Transfer des Know-hows aus dem Projekt an die Bundesländer wird die Akzeptanz der eDNA basierte Monitoringansätze gewährleisten und den Ländern den Zugang zu den neuen Methoden erleichtern. Ein Verfahrensvorschlag und eine Kostenschätzung ebnen den Weg für eine sich an das Projekt anschließende Diskussionen zur Ergänzung des klassischen Fischmonitorings durch eDNA basierte Verfahren.
In the interdisciplinary joint project INPEDIV, we are investigating consequences of organic and conventional farming for biodiversity in protected areas. By use of traditional methods and new technologies, we are examining the effects of agricultural practices, the land use history and landscape matrix on a broad range of taxa across trophic levels (vegetation, soil invertebrates, flying and ground-dwelling arthropods, insectivorous vertebrates).