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Found 18 results.

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DSMZ

The DSMZ is the most comprehensive biological resource center worldwide. Being one of the world's largest collections, the DSMZ currently comprises more than 73,700 items, including about 31,900 different bacterial and 6,600 fungal strains, 840 human and animal cell lines, 1,500 plant viruses and antisera, 700 bacteriophages and 19,000 different types of bacterial genomic DNA. All biological materials accepted in the DSMZ collection are subject to extensive quality control and physiological and molecular characterization by our central services. In addition, DSMZ provides an extensive documentation and detailed diagnostic information on the biological materials. The unprecedented diversity and quality management of its bioresources render the DSMZ an internationally renowned supplier for science, diagnostic laboratories, national reference centers, as well as industrial partners.

Averaged isoGDGT isomers in global database of wetlands

This is the archaeal biomarker dataset for global peatlands. The first dataset contains biomarker data for each individual sample as for many peatlands we analysed more than one sample. The second dataset contains the averaged data for isoGDGT isomers in all sites that contains both associated pH and temperature measurements.

Teilprojekt E, Teilprojekt B

Marine Microbial Biodiversity, Bioinformatics and Biotechnology (MICRO B3)

Micro B3 will develop innovative bioinformatic approaches and a legal framework to make large-scale data on marine viral, bacteria; archaeal and protists genomes and metagenomes accessible for marine ecosystems biology and to define new targets for biotechnological applications. Micro B3 will build upon a highly interdisciplinary consortium of 32 academic and industrial partners comprising world-leading experts in bioinformatics, computer science, biology, ecology, oceanography, bioprospecting and biotechnology, as well as legal aspects. icro B3 is based on a strong user- and data basis from ongoing European sampling campaigns to long-term ecological research sites. For the first time a strong link between oceanographic and molecular microbial research will be established to integrate global marine data with research on microbial biodiversity and functions. The Micro B3 Information System will provide innovative open source software for data-processing, -integration, -visualisation, and -accessibility. Interoperability will be the key for seamless data transfer of sequence and contextual data to public repositories. Micro B3 will allow taking full advantage of current sequencing technologies to efficiently exploit large-scale sequence data in an environmental context. Micro B3 will create integrated knowledge to inform marine ecosystems biology and modelling. Moreover, it will facilitate detecting candidate genes to be explored by targeted laboratory experiments for biotechnology and for assigning potential functions to unknown genes. Micro B3 will develop clear IP agreements for the protection and sustainable use of pre-competitive microbial genetic resources and their exploitation in high potential commercial applications. To underline the translational character of Micro B3, outreach and training activities for diverse stakeholders are planned as well as an Ocean Sampling Day to transparently make project results accessible and gain valuable user feedback.

Etablierung eines core-Mikrobioms für Biogasanlagen - Genom-Sequenzierung von Isolaten aus Biogasanlagen und Mapping von Metagenom-Datensätzen (BIOGAS-CORE), Teilvorhaben 1: N2-Umsetzer und MALDI-TOF/MS Analytik

Die Gewinnung von Biogas aus nachwachsenden Roh- und landwirtschaftlichen Reststoffen ist wesentlicher Baustein einer nachhaltigen und CO2-neutralen Energieerzeugung. Verantwortlich für den anaeroben Abbau der Biomasse zu Biogas ist eine komplexe und dynamische Mikroflora bestehend aus einer Vielzahl von Bakterien und Archaeen. Die Mehrheit der beteiligten Mikroorganismen ist ebenso wie ihre Stoffwechselleistungen bislang nicht wissenschaftlich untersucht. Die Kenntnis der Biogas-Mikrobiologie wird jedoch als Schlüssel für die weitere technologische Optimierung der Biogasproduktion angesehen. Zur Aufklärung der mikrobiologischen Zusammenhänge gewinnen Hochdurchsatztechnologien zur DNA-Analyse zunehmend an Bedeutung. Jedoch sind die hiermit erhaltenen Datenmengen bislang nur ansatzweise auswertbar, da es häufig an Referenzdaten mangelt. Um die Hochdurchsatz-DNA-Analytik auch für die Biogasforschung zu erschließen, soll im Rahmen dieses Forschungsvorhabens eine Referenzdatensammlung für das Kern-('core') Mikrobiom von Biogasanlagen aufgebaut werden. 1. Auswahl und Beprobung von repräsentativen Biogasanlagen; 2. Etablierung neuartiger Verfahren zur Isolierung von Mikroorganismen aus Biogasreaktoren und Gewinnung von Isolaten; 3. Sequenzierung der Genome der Isolate und bioinformatische Auswertung; 4. Aufbau einer Referenzdatenbank für den Kernbestand an Mikroorganismen; 5. Etablierung einer zeitnahen Diagnostik des Reaktorzustandes mittels MALDI-TOF MS

Etablierung eines core-Mikrobioms für Biogasanlagen - Genom-Sequenzierung von Isolaten aus Biogasanlagen und Mapping von Metagenom-Datensätzen (BIOGAS-CORE), Teilvorhaben 2: Genomsequenzierung und CORE-Datenbank

Die Gewinnung von Biogas aus nachwachsenden Rohstoffen und landwirtschaftlichen Reststoffen ist wesentlicher Baustein einer nachhaltigen und CO2-neutralen Energieerzeugung. Verantwortlich für den anaeroben Abbau der Biomasse zu Biogas ist eine komplexe und dynamische Mikroflora bestehend aus einer Vielzahl von Bakterien und Archaeen. Die Mehrheit der beteiligten Mikroorganismen ist ebenso wie ihre Stoffwechselleistungen bislang nicht wissenschaftlich untersucht. Die Kenntnis der Biogas-Mikrobiologie wird jedoch als Schlüssel für die weitere technologische Optimierung der Biogasproduktion angesehen. Zur Aufklärung der mikrobiologischen Zusammenhänge gewinnen Hochdurchsatztechnologien zur DNA-Analyse zunehmend an Bedeutung. Jedoch sind die hiermit erhaltenen Datenmengen bislang nur ansatzweise auswertbar, da es häufig an Referenzdaten mangelt. Um die Hochdurchsatz-DNA-Analytik auch für die Biogasforschung zu erschließen, soll im Rahmen dieses Forschungsvorhabens eine Referenzdatensammlung für das Kern- ('core') Mikrobiom von Biogasanlagen aufgebaut werden. (1) Auswahl und Beprobung von repräsentativen Biogasanlagen, (2) Gewinnung von Isolaten für cellulolytische, acidogene, acetogene und stickstoffumsetzende Bakterien sowie für methanogene Archaea, (3) Etablierung neuartiger Verfahren zur Isolierung von Mikroorganismen aus Biogasreaktoren, (4) Sequenzierung der Genome der Isolate und bioinformatische Auswertung, (5) Sequenzierung von Metagenomen von Biogasanlagen.

e:Bio - Modul II - HotSysAPP: Heiße Angewandte System Biologie - Sulfolobus acidocaldarius als neues archaeelles, thermoacidophiles Chassis für die industrielle Biotechnologie, Teilprojekt E

e:Bio - Modul II - HotSysAPP: Heiße Angewandte System Biologie - Sulfolobus acidocaldarius als neues archaeelles, thermoacidophiles Chassis für die industrielle Biotechnologie, Teilprojekt D

Teilprojekt B, Teilprojekt A

Die Verarmung fossiler Ressourcen und die Emission von Treibhaus-Gasen erfordern neue Strategien zur Nutzung von alternativen, nachhaltigen Ressourcen wie z.B. Lignocellulose. Derzeitig genutzte Verfahren benötigen jedoch aufgrund der stabilen und widerspenstigen Beschaffenheit von Lignocellulose weitere Optimierung. Archaeen wurden als dritte Domäne des Lebens vor ca. 40 Jahren etabliert. Sie dominieren extreme Habitate und gewinnen aufgrund ihrer Robustheit, ihrer einzigartigen Stoffwechseleigenschaften und stabilen Enzyme 'Extremozyme' ein wachsendes Interesse. Jedoch sind Archaeen in Bezug auf biotechnologische Anwendungen weitgehend ungenutzt. Wir haben Sulfolobus acidocaldarius (Wachstum bei 75-80°C und pH 2-3) als unseren 'in vivo' Plattform-Organismus ausgewählt, da seine Wachstumsbedingungen denen zur Vorbehandlung von Lignocellulose (verdünnte Säure und Hitze) entsprechen. Für S. acidocaldarius sind genetische Werkzeuge und Methoden etabliert, die es ermöglichen neue Stoffwechseleigenschaften in den Organismus einzubringen ('metabolic engineering').Das Ziel des Projektes ist es S. acidocaldarius als Chassis für die Produktion von Chemikalien aus Lignocellulose und als thermoacidophilen Biodetektor zu entwickeln. Dabei soll exemplarisch die Produktion von Bioalkoholen/Biotreibstoffen (hier Ethanol und Isobutanol) mit S. acidocaldarius entwickelt sowie an der Optimierung thermophiler Enzymkaskaden (in vitro 'metabolic engineering') gearbeitet werden. Der Einsatz von hitzestabilen Biokatalysatoren und die Durchführung von Reaktionen bei höheren Temperaturen bieten zahlreiche Vorteile wie z.B. erhöhte Löslichkeit, Vermeidung von Kontaminationsproblemen und vereinfachte Weiterverarbeitung für die Produktgewinnung (z.B. für flüchtige Produkte). Der Einsatz von S. acidocaldarius eröffnet somit neue Horizonte für alternative Prozesstechnologien (neue 'Ein-Topf' Strategien) mit Vorteilen bei der Rohstoffvorbehandlung, Prozessdurchführung und Produktgewinnung.

Teilprojekt E, Teilprojekt F

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