Flussauen mit ihrem typischen Muster von unterschiedlichen Lebensräumen sind in Mitteleuropa stark gefährdet. Die Bundesanstalt für Gewässerkunde (BfG) hat daher das Integrierte Flussauenmodell INFORM (Integrated Floodplain Response Model) für den Einsatz an Bundeswasserstraßen erstellt, mit dem ökologische Modellierungen durchgeführt werden können. Das modular aufgebaute Modellsystem INFORM verknüpft hydrologische, hydraulische, morphologische und bodenkundliche Modelltechniken mit ökologischen Modellen. Dabei werden vor allem sogenannte Lebensraumeignungsmodelle (Habitatmodelle) angewendet. Solche Modelle beschreiben die potentielle Eignung eines Standortes als Lebensraum für bestimmte Arten und / oder Artengruppen anhand der Ausprägung mehrerer abiotischer Standortparameter. Die Bearbeitung folgt prinzipiell dem Wirkungspfad Abfluss - Flusswasser - Grundwasser - Boden - Biotik unter Berücksichtigung morphologischer Einflüsse, des direkten Einflusses der Überflutung und der (landwirtschaftlichen) Nutzung. Die Bewertung der prognostizierten Veränderungen erfolgt an Hand von Gesetzen und Verordnungen und beinhaltet auch die Auswirkungen des menschlichen Handelns.
Das Projekt „Blaues Band trifft Grünes Band“ ist ein Kooperationsprojekt mit der Wasserstraßen- und Schifffahrtverwaltung. Im Auenteil des Projekts sollen in drei Maßnahmenbereichen auf 27,5 ha naturnahe Gewässerabschnitte und Auen wiederhergestellt werden. Dazu plant die Stiftung Naturschutz Thüringen, dass die Ufer abgeflacht werden und Auengewässer sowie Seitenarme mit Flachwasserzonen entstehen. Dadurch können die angrenzenden Bereiche (u.a. mit Resten eines Auwalds) wiedervernässt und die Werra wieder besser mit ihren Auen verbunden werden. Das Wasserstraßen- und Schifffahrtsamt Weser plant ergänzende Maßnahmen im Bereich des Flusses und der Ufer als Teil dieses gemeinsamen Kooperationsprojekts.
Mit dem Projekt „EmsLand“ wird das Ziel verfolgt, den Biotopverbund der Ems und ihrer Auen zu stärken und die Auendynamik zu verbessern. Dazu sind verschiedene Maßnahmen geplant: bspw. sollen neue Auengewässer angelegt werden und benachbarte Auenbereiche an das Niveau der Ems bzw. ihrer Zuflüsse angeglichen werden. Indem dort Bodenmaterial entnommen wird, kann der Bodenwasserhaushalt verbessert werden und dort u.a. neue Bereiche für Auwälder entstehen. Auch Unterhaltungsverbände, Fischereiverband, WSV und die Landwirtschaft werden u.a. bei der Umsetzung einbezogen und planen, in einer gemeinsamen Arbeitsgruppe neue Maßnahmenideen zu erarbeiten.
Um die am Oberrhein noch vorhandenen vielfältigen Lebensräume, insbesondere Auenwälder, zu erhalten und zu entwickeln, sollen zwischen Rastatt und Dettenheim alte Nebenrinnen des Rheins und Auengewässer reaktiviert werden. Dadurch verbessern sich die Lebensbedingungen für viele seltene und schutzbedürftige Tier- und Pflanzenarten in diesem Feuchtgebiet von internationaler Bedeutung. Diese sind durch die Begradigung des Rheins und zunehmende Niedrigwasserphasen in Folge des Klimawandels gefährdet.