Der Bund für Umwelt und Naturschutz Deutschland (BUND) und der Naturschutzbund Deutschland (NABU) haben Beschwerde bei der Europäischen Kommission eingelegt, weil Deutschland die Europäische Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) missachtet. Die Umweltverbände fordern die Einleitung eines Vertragsverletzungsverfahrens gegen Deutschland, da die Planungen und gesetzlichen Vorgaben zum Gewässerschutz nicht ausreichten, um die EU-Vorgaben zu erfüllen. Grundlage der Beschwerde ist eine bundesweite Analyse der Umweltverbände der sogenannten WRRL-Bewirtschaftungspläne und Maßnahmenprogramme. Im europäischen Vergleich belegt Deutschland nach Angaben der EU-Kommission bei der Erreichung der Gewässerschutzziele derzeit lediglich Platz 21 von 26. In ihrer Beschwerde beanstanden die Verbände unter anderem den Zuständigkeitskonflikt zwischen Bund und Ländern an Bundeswasserstraßen. Aus den Gesetzen lasse sich derzeit nicht eindeutig ableiten, ob der Bund oder die Länder Maßnahmen zur Verbesserung des Gewässerzustands umsetzen müssen.
Der Bund für Umwelt und Naturschutz Deutschland (BUND) legte am 26. August 2016 gegen den Kabinettsbeschluss vom 3. August zum Bundesverkehrswegeplan (BVWP) bei der EU-Kommission Beschwerde ein. Kern der Beschwerde ist die Verletzung der Rechte des Umweltverbandes im Rahmen einer zuvor durchgeführten sechswöchigen Öffentlichkeitsbeteiligung. Der BUND stütze sich in seiner EU-Beschwerde auf die Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs (EuGH), die eine umfassende Alternativenprüfung vorschreibe und hohe Standards vor allem dann verlange, wenn die besonders geschützten NATURA-2000-Gebiete betroffen seien. Auch der zum BVWP gehörende Umweltbericht sei mangelhaft, weil vom Gesetz geforderte Maßnahmen fehlten, mit denen erhebliche Umweltauswirkungen vermieden, vermindert oder ausgeglichen werden könnten. Außerdem lägen weder für Schienen- noch für Straßenbauvorhaben vollständige Netzplanungen vor.
Die Deutsche Umwelthilfe (DUH) leitete zusammen mit dem Bund für Umwelt und Naturschutz Deutschland (BUND) bei der EU ein Beschwerdeverfahren gegen Deutschland ein. Grund ist nach Auffassung der Umweltverbände die mangelhafte Umsetzung der europäischen Energieeffizienzvorgaben in nationales Recht. Ziel der Beschwerde ist, dass die EU ein Vertragsverletzungsverfahren gegen Deutschland eröffnet. Damit soll der Druck auf die Bundesregierung erhöht werden, ihre Klimaschutzpolitik voranzubringen. Die Verbände kritisieren, dass die derzeitigen Maßnahmen aus Deutschland nicht ausreichen, um das Ziel von 1,5 Prozent Energieeinsparung pro Jahr zu erfüllen.
Zielsetzung der Projektes ist es, die EU Kommission mit Beiträgen für das im Rahmen des 7. Umweltaktionsprogrammes. Zusammen mit dem Institute for European Environmental Policy und BIO Intelligence Service erarbeitet das Ecologic Institut verschiedene Optionen der Optimierung der nationalen Beschwerde- und Mediationsmechanismen. Aufbauend auf den Fallstudien zehn ausgewählter Mitgliedsstaaten werden die Projektpartner Besonderheiten und 'good-practice'-Beispiele herausarbeiten und Vorschläge unterbreiten, wie die Mechanismen mit Blick auf eine bessere Durchsetzung des EU-Umweltrechts und der Schaffung gleicher Rahmenbedingungen in den Mitgliedsstaaten verbessert werden können.