This is the bioinformatics service project of the SFB924. It will support and train all scientists involved in bioinformatic analysis.
Die Symbiosen der pflanzlichen Wurzel mit arbuskulären Mykorrhizapilzen und Stickstoff-fixierenden Bakterien bergen ein großen Potential für die nachhaltige Landwirtschaft. Jüngste Ergebnisse legen nahe, dass Kalzium und Calmodulin-abhängige Proteinkinasen (CCaMK), zusammen mit einem DNA-bindenden Transkriptionsaktivator, CYCLOPS, einen wichtigen regulatorischen Knotenpunkt bei der Entscheidung zwischen diesen beiden Symbiosen darstellen. Hier möchten wir die zugrundeliegenden molekularen Mechanismen für diesen Entscheidungsprozess untersuchen.
Wir beabsichtigen Liganden- und Protein-Interaktionspartner von Fra a zu finden, um zu prüfen, ob PR10 Proteine Metabolite binden und weitermelden können. Fra a defizitäre Genotypen und andere Linien werden benutzt um weitere Details zur Rolle der PR10 während der Infektion mit Pathogenen aufzuklären. Schließlich soll die alternative Hypothese geprüft werden, ob Fra a mit dem Tonoplast assoziiert ist und den Transport in die Vakuole vermitteln kann.
Ralstonia solanacearum ist ein wichtiges Pathogen bei Pflanzen. Zur Klärung des Codes von TALE-ähnlichen Proteinen (RATs) des bakteriellen Pathogens R. solana-cearum wollen wir RAT-Gene in planta exprimieren und Zielgene über Transkriptomanalysen identifizieren. Der RAT-Code soll anschließend zur Generierung von Promoterfallen verwendet werden, die Resistenz gegen R. solanacearum vermitteln. Weiterhin sollen in Arabidopsis-Ökotypen RAT-spezifische Resistenzgene identifiziert werden.