This is the bioinformatics service project of the SFB924. It will support and train all scientists involved in bioinformatic analysis.
Die Symbiosen der pflanzlichen Wurzel mit arbuskulären Mykorrhizapilzen und Stickstoff-fixierenden Bakterien bergen ein großen Potential für die nachhaltige Landwirtschaft. Jüngste Ergebnisse legen nahe, dass Kalzium und Calmodulin-abhängige Proteinkinasen (CCaMK), zusammen mit einem DNA-bindenden Transkriptionsaktivator, CYCLOPS, einen wichtigen regulatorischen Knotenpunkt bei der Entscheidung zwischen diesen beiden Symbiosen darstellen. Hier möchten wir die zugrundeliegenden molekularen Mechanismen für diesen Entscheidungsprozess untersuchen.
Ralstonia solanacearum ist ein wichtiges Pathogen bei Pflanzen. Zur Klärung des Codes von TALE-ähnlichen Proteinen (RATs) des bakteriellen Pathogens R. solana-cearum wollen wir RAT-Gene in planta exprimieren und Zielgene über Transkriptomanalysen identifizieren. Der RAT-Code soll anschließend zur Generierung von Promoterfallen verwendet werden, die Resistenz gegen R. solanacearum vermitteln. Weiterhin sollen in Arabidopsis-Ökotypen RAT-spezifische Resistenzgene identifiziert werden.
Wir beabsichtigen Liganden- und Protein-Interaktionspartner von Fra a zu finden, um zu prüfen, ob PR10 Proteine Metabolite binden und weitermelden können. Fra a defizitäre Genotypen und andere Linien werden benutzt um weitere Details zur Rolle der PR10 während der Infektion mit Pathogenen aufzuklären. Schließlich soll die alternative Hypothese geprüft werden, ob Fra a mit dem Tonoplast assoziiert ist und den Transport in die Vakuole vermitteln kann.