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Barley dwarfs acting big in agronomy. Identification of genes and characterization of proteins involved in dwarfism, lodging resistance and crop yield

Barley (Hordeum vulgare) is an important cereal grain which serves as major animal fodder crop as well as basis for malt beverages or staple food. Currently barley is ranked fourth in terms of quantity of cereal crops produced worldwide. In times of a constantly growing world population in conjunction with an unforeseeable climate change and groundwater depletion, the accumulation of knowledge concerning cereal growth and rate of yield gain is important. The Nordic Genetic Resource Center holds a major collection of barley mutants produced by irradiation or chemical treatment. One phenotypic group of barley varieties are dwarf mutants (erectoides, brachytic, semidwarf, uzu). They are characterized by a compact spike and high rate of yield while the straw is short and stiff, enhancing the lodging resistance of the plant. Obviously they are of applied interest, but they are also of scientific interest as virtually nothing is known about the genes behind the development of plant dwarfism. The aim of this project is to identify and isolate the genes carrying the mutations by using state of the art techniques for gene cloning at the Carlsberg Laboratory. The identified genes will be connected with the mutant phenotype to reveal the gene function in general. One or two genes will be overexpressed and the resulting recombinant proteins will be biochemically and structurally characterized. The insights how the mutation effects the protein will display the protein function in particular. Identified genes and their mutant alleles will be tested in the barley breeding program of the Carlsberg brewery.

Erhaltungssätze und Ensemble Kalman Filter Algorithmen

Die Einbeziehung von physikalischen Erhaltungsgesetzen ist bereits seit längerem als wichtiger Punkt bei der Entwicklung von numerischen Wettervorhersagemodellen bekannt. In Datenassimilation im weiteren Sinne ist die Berücksichtigung von Erhaltungsgesetzen und die Analyse deren Bedeutung erst seit kurzem ein zentraler Gegenstand der Forschung. Numerische Atmosphärenmodelle sind heute in der Lage, kleinräumige und deshalb hochgradig nichtlineare Dynamik und Physik aufzulösen. Vorhersagen hängen dabei sehr sensible von den Anfangs- und Randbedingungen ab. Die Datenassimilation für Modelle, die viele Skalen darstellen und in die sowohl zeitlich als auch räumlich hochaufgelöste Beobachtungen eingehen verlangt nach einer Überprüfung und der Weiterentwicklung der zur Zeit in numerischen Wettervorhersagemodelle genutzten, auf weniger nicht lineare Anwendungen ausgelegte Methoden. Das primäre Ziel dieses Projektes ist die Entwicklung von Ensemble-basierten Datenassimilations-Algorithmen welche Eigenschaften von nichtlinearen dynamischen Systemen, zum Beispiel die Erhaltung von Masse, Drehimpuls, Energie und Enstrophie berücksichtigen. Insbesondere werden die folgenden zwei Problemstellungen bearbeitet. Gemeinsam mit Kollegen haben wir kürzlich zeigen können, dass Erhaltung von Masse und Positivität wichtige Nebenbedingungen für Datenassimilations-Algorithmen sind. Beide Bedingungen sind in einem neuen Algorithmus, dem quadratic programming ensemble Kalman filter, umgesetzt worden. Tests an linearer Dynamik wurden ebenfalls bereits durchgeführt. Im Rahmen des vorgeschlagenen Projektes soll dieser Algorithmus in einer idealisierten Konfiguration für die Assimilation von Radarreflektivität mit dem nichthydrostatischen, konvektionsauflösenden COSMO-DE-Modell erweitert, implementiert und evaluiert werden. Zweitens, wird untersucht wie sich Datenassimilations-Algorithmen wie der Ensemble Kalman Filter und der quadratic programming ensemble Kalman filter auf die zu erhaltenden Größen im Fall von Experimenten mit einem idealisierten, nichtlinearen zweidimensionalen Flachwassermodell auswirken, sowie ob und wie diese Ensemble-basierten Algorithmen modifiziert werden können um Lösungen mit den vorgeschriebenen Eigenschaften zu erhalten. Es ist zu erwarten, dass Erhalt von Masse und Entropie die nicht lineare Energie Kaskade im System verbessert. Der mögliche Einfluss auf die Exaktheit von Vorhersagen wird auch untersucht.

Schwerpunktprogramm (SPP) 1006: Bereich Infrastruktur - Internationales Kontinentales Bohrprogramm, Teilprojekt: Tephrostratigraphie und -chronologie einer 430 ka Sedimentabfolge aus dem Fucino Becken, Zentralitalien, vereint mediterrane und Nord Atlantik Archive

Das Fucino Becken ist das größte und vermutlich einzige Becken der Zentral Apenninen, das eine kontinuierliche lakustrine Sedimentabfolge und die sedimentäre Geschichte seit dem frühen Pleistozän bis zu rezenten historischen Zeiten dokumentiert. Die günstige Entfernung zu den peri-tyrrhenischen Vulkanzentren (100-150 km) macht das Fucino Becken zum besten Kandidaten im zentralen Mittelmeerraum, um eine lange und kontinuierliche tephrochronologische Abfolge zu erhalten, die mittels 40Ar/39Ar unabhängig datiert und direkt mit Proxy-Daten der lakustrinen Sedimente in stratigraphischer Ordnung verankert werden kann. In diesem Rahmen bildet der Fucino Paläosee einen Knotenpunkt im Netzwerk langer terrestrischer und mariner mediterraner Archive, inklusive Totem Meer, Van- und Ohridsee, Tenaghi Philippon und das Becken von Korinth. Das Übertragen der chronologischen und stratigraphischen Erkenntnisse auf paläomagnetische Exkursionen und auf orbitale und tausendjährige Klimaveränderungen abgeleitet aus Nordatlantischen Klimaarchiven setzt den Rahmen zu einem besseren Verständnis der raum-zeitlichen Variabilität, der Magnitude, sowie den unterschiedlichen Ausprägungen quartärer Klimaveränderungen.Dieser Antrag konzentriert sich auf eine 86 m lange Sedimentabfolge, welche aus dem zentralen Fucino Becken im Juni 2017 gewonnen wurde und die letzten 430.000 Jahre umfasst. Detaillierte tephrostratigraphische Untersuchungen umfassen Haupt-, Neben- und Spurenelementanalysen, sowie Isotopenanalysen von vulkanischen Gläsern, die auch an national und international kooperierenden Instituten durchgeführt werden. Chronostratigraphische Arbeiten basieren auf der Korrelation mit bekannten Tephrenlagen und auf direkter 40Ar/39Ar Datierung von bisher unbekannten und/oder undatierten Tephren. Die tephro- und chronostratigraphischen Untersuchungen werden es ermöglichen, (i) die Abfolge, die zeitlichen Einordnung, die Dauer und die Dynamik von vergangen Klimaereignissen zu bestimmen, (ii) das Wissen über den italienischen Vulkanismus, die Petrologie und die Geodynamik zu verbessern und (iii) das Verständnis der Chronologie von paläomagnetischen Exkursionen zu verbessern. Des Weiteren sollen im Rahmen des Projektes die Grenzen der 40Ar/39Ar Datierung in Bezug auf die benötigte Minimalgröße von Sanidinen oder Leuciten von unterschiedlich alten Tephren getestet werden.Das hier beantragte Projekt ist ein Verlängerungsantrag, da die Anzahl an Tephren in der Sedimentabfolge des Fucino Sees zwei- bis dreimal höher ist als ursprünglich erwartet. Dies ist eine exzellente Voraussetzung, um die oben genannten Antragsziele zu erfüllen. Die hohe Anzahl an Tephren erfordert jedoch intensivere analytische Arbeit, die in enger Kooperation mit internationalen Partnern durchgeführt wird. Dies setzt den Rahmen, um die überregionale Signifikanz des Fucino Archives hervorzuheben und eine von ICDP geförderte Bohrkampagne im Fucino Becken zu etablieren.

The parent material as major factor for the properties of the biogeochemical interface: Integrative analysis

The formation of biogeochemical interfaces in soils is controlled, among other factors, by the type of particle surfaces present and the assemblage of organic matter and mineral particles. Therefore, the formation and maturation of interfaces is studied with artificial soils which are produced in long-term biogeochemical laboratory incubation experiments (3, 6, 12, 18 months. Clay minerals, iron oxides and charcoal are used as major model components controlling the formation of interfaces because they exhibit high surface area and microporosity. Soil interface characteristics have been analyzed by several groups involved in the priority program for formation of organo-mineral interfaces, sorptive and thermal interface properties, microbial community structure and function. Already after 6 months of incubation, the artificial soils exhibited different properties in relation to their composition. A unique dataset evolves on the development and the dynamics of interfaces in soil in the different projects contributing to this experiment. An integrated analysis based on a conceptual model and multivariate statistics will help to understand overall processes leading to the biogeochemical properties of interfaces in soil, that are the basis for their functions in ecosystems. Therefore, we propose to establish an integrative project for the evaluation of data obtained and for publication of synergistic work, which will bring the results to a higher level of understanding.

Schwerpunktprogramm (SPP) 1006: Bereich Infrastruktur - Internationales Kontinentales Bohrprogramm, Teilprojekt: Untersuchung des Potenzials eines Bohrkerns vom Paläosee Idaho als Paläoklimaarchiv Nordamerikas im Plio- und Pleistozän

Der vorliegende Antrag ist ein Fortsetzungsantrag eines 2016 bewilligten interdisziplinären Projekts, das zum Ziel hatte, das paläoklimatische Potenzial des auf eine ICDP-Initiative zurückgehenden Bohrkerns MHAFB11 aus dem Paläosee Idaho zu erkunden; dieser Kern stellt möglicherweise ein Schlüsselarchiv der spätpliozänen bis frühpleistozänen Klima- und Ökosystemveränderungen für die mittleren Breiten Nordamerikas dar. Während für die erste Projektphase ein einziger Antrag bestehend aus drei Antragskomponenten eingereicht wurde, werden für die hier beantragte Abschlussfinanzierung zwei unabhängige Anträge eingereicht, die jedoch thematisch in gewissem Bezug zueinander stehen. Die Antragskomponenten der Antragsteller des hier vorliegenden Antrags haben für die erste Projektphase eine für den Projekterfolg extrem wichtige paläomagnetische Umkehr identifiziert (Gauss/Matuyama-Grenze) und eine palynologische Übersicht für das Pliozän/Pleistozän-Übergangsintervall generiert. Hierauf basierend sollen im vorliegenden Fortsetzungsantrag die folgenden Hauptziele erreicht werden: (i) Erarbeitung eines palynologischen Datensatzes mit einer Auflösung von 1,5 m über das zu untersuchende Kernintervall von 440 bis 730 m, welcher nach unserem Wissensstand der erste seiner Art in ganz Nordamerika sein wird, und (ii) Generierung pollenbasierter Rekonstruktionen der Vegetations- und Klimadynamik für das betreffende Kernintervall. Auf Grundlage dieser Datensätze soll das Projekt modellhafte Vorstellungen der Paläoumwelt- und Paläoklimadynamik in den mittleren Breiten des westlichen Nordamerika während des Pliozän/Pleistozän-Übergangs entwickeln. Insbesondere wird es seine geographische Lage ermöglichen, die Hypothese zu testen, dass zum ende des Pliozäns verstärkte Feuchtigkeitszufuhr vom Pazifik verstärkt Wasserdampf ins nördliche Nordamerika transportierte, dessen Zufuhr zum Beginn der Vereisung der Nordhalbkugel führte.

Schwerpunktprogramm (SPP) 1006: Bereich Infrastruktur - Internationales Kontinentales Bohrprogramm, Teilprojekt: Die Verknüpfung von terrestrischen und marinen Ökosystemreaktionen auf Klimaschwankungen seit der letzten Zwischeneiszeit in südosteuropäischen Refugien (Ohridsee und Golf von Korinth)

Dieses hybride ICDP/IODP-Projekt hat zum Ziel: (a) die empfindliche Vegetationsreaktion von zwei Zufluchtsorten auf der Balkanhalbinsel (Ohrid/ICDP im Norden und Korinth/IODP im Süden) im letzten Klimazyklus auf hundertjähriger Skala zu verbinden, (b) die Lead-Lag-Beziehungen zwischen terrestrischen und marinen Ökosystemen auf globale Klimaschwankungen auf lokaler und regionaler Ebene in bestimmten stratigraphischen Horizonten seit der letzten Zwischeneiszeit zu untersuchen. Die beiden Untersuchungsgebiete liegen in Schlüsselpositionenen im östlichen Mittelmeerraum, der sehr empfindlich auf abrupte Klimaschwankungen reagiert und es erlaubt, Einflüsse sowohl aus höheren (z. B. Nordatlantik) als auch aus niedrigeren Breitengraden (z. B. afrikanischer Monsun) nachzuweisen. Die Bestimmung der Zusammensetzung, Fülle und der Abfolge der Vegetation in den nördlichsten und südlichsten Refugialstandorten des Pindus-Gebirges wird es uns ermöglichen, bioklimatische Schwellenwerte und die Vegetationsdynamik während einer Zeit abrupter Klimaschwankungen mit hoher Amplitude zu rekonstruieren. Neben Vegetationsverschiebungen erfassen Sedimente aus dem Golf von Korinth auch Veränderungen in marinen Ökosystemen. Somit können Lead-Lag-Beziehungen im lokalen Ausdruck der Klimaschwankungen zwischen dem terrestrischen und dem marinen Bereich unter Umgehung chronologischer Unsicherheiten bestimmt werden. Das Verständnis des Zusammenspiels zwischen klimatischen, ökologischen und tektonischen Faktoren auf suborbitaler Ebene innerhalb des Grabensystems wird es uns folglich ermöglichen, das Hauptziel der IODP Exp. 381 zu erreichen. Durch die Untersuchung der Vielfalt und Fülle der gemäßigten Baumarten während der letzten Eiszeit greift dieses Projekt eines der wichtigsten wissenschaftlichen Ziele des SCOPSCO ICDP-Projekts auf, das sich mit Pflanzenresilienz und Schutzstrategien in Südosteuropa befasst.

Schwerpunktprogramm (SPP) 1006: Bereich Infrastruktur - Internationales Kontinentales Bohrprogramm, Teilprojekt: More - Mofetten Untersuchungen

Mofetten sind natürliche Gasaustritte, an denen CO2 entlang von Störungszonen aus dem Erdmantel aufsteigt und stellen als solche natürliche Fenster zu magmatischen/vulkanischen Prozessen in der Tiefe dar. Ziel der vorgeschlagenen Untersuchungen an Mofetten ist der physikalische Zusammenhang zwischen Fluideigenschaften, ihrer Migrationspfade und Erdbeben. Der Einsatz modernste Fluidmesstechnik stellt einen komplett neuen Ansatz dar im Vergleich zur Strategie diskreter Probennahmen während der letzten Jahrzehnte. Zusammensetzung und isotopische Signatur der Gase werden kontinuierlich in-situ in verschiedenen Tiefen analysiert. Weltweit einmalig, lassen sich so die aufsteigenden Mantelfluide entlang eines vertikalen Geradienten aus einer Tiefe von mehreren Hundert Metern bis an die Erdoberfläche verfolgen. Dies kann Hinweise auf die Ursache zeitlicher Veränderungen geben, die in Zusammenhang mit der Öffnung von fault-valves, der Zumischung krustaler Fluide zu einer stetigen Mantelentgasung, oder einer möglichen Freisetzung von Wasserstoff bei Bruchvorgängen stehen. Als Untersuchungsobjekt wurde die Hartousov Mofette ausgewählt. Detaillierte Messungen vor, während und nach der Bohrung eines 300 m tiefen Bohrlochs geben Aufschluss über einen möglichen Einfluss der Bohrtätigkeiten auf das lokale und regionale Fluidregime. Periodisch werden Proben zur Edelgasanalytik und detaillierten Isotopenanalyse entnommen. Die Arbeiten stehen in direktem Zusammenhang mit der für 2019 geplanten Fluidbohrung im Rahmen ICDP Projektes 'Drilling the Eger Rift: Magmatic fluids driving the earthquake swarms and the deep biosphere'.

Coordination and administration of the priority programme SPP 1315 Biogeochemical Interfaces in Soil, Biotic and abiotic factors that dive the function of microbial communities at biogeochemical interfaces in different soils (BAMISO)

Biogeochemical interfaces shape microbial community function in soil. On the other hand microbial communities influence the properties of biogeochemical interfaces. Despite the importance of this interplay, basic understanding of the role of biogeochemical interfaces for microbial performance is still missing. We postulate that biogeochemical interfaces in soil are important for the formation of functional consortia of microorganisms, which are able to shape their own microenvironment and therefore influence the properties of interfaces in soil. Furthermore biogeochemical interfaces act as genetic memory of soils, as they can store DNA from dead microbes and protect it from degradation. We propose that for the formation of functional biogeochemical interfaces microbial dispersal (e.g. along fungal networks) in response to quality and quantity of bioavailable carbon and/or water availability plays a major role, as the development of functional guilds of microbes requires energy and depends on the redox state of the habitat.To address these questions, hexadecane degradation will be studied in differently developed artificial and natural soils. To answer the question on the role of carbon quantity and quality, experiments will be performed with and without litter material at different water contents of the soil. Experiments will be performed with intact soil columns as well as soil samples where the developed interface structure has been artificially destroyed. Molecular analysis of hexadecane degrading microbial communties will be done in vitro as well as in situ. The corresponding toolbox has been successfully developed in the first phase of the priority program including methods for genome, transcriptome and proteome analysis.

GSP Green H2, Internationales Masterprogramm für Energie und Grünen Wasserstoff (IMP-EGH)

GSP Green H2, WASCAL Internationales Masterprogramm für Energie und Grünen Wasserstoff (IMP-EGH)

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